Я читаю данные компонентов ветра (u и v) из файла netCDF из NCEP/NCAR Reanalysis 1, чтобы произвести некоторые вычисления. Я использую xarray для чтения файла.
В одном из вычислений я хотел бы замаскировать все данные ниже некоторого порога, сделать их равными атрибутуmissing_value. Я не хочу использовать NaN.
Однако при чтении данных с помощью xarray атрибутmissing_value, присутствующий в переменной в файле netCDF, не копируется в xarray.DataArray, содержащий данные.
Я не смог найти способ скопировать этот атрибут из переменной файла netCDF с помощью xarray.
Вот пример того, что я пытаюсь сделать:
import xarray as xr
import numpy as np
DS1 = xr.open_dataset( "u_250_850_2009012600-2900.nc" )
DS2 = xr.open_dataset( "v_250_850_2009012600-2900.nc" )
u850 = DS1.uwnd.sel( time='2009-01-28 00:00', level=850, lat=slice(10,-60), lon=slice(260,340) )
v850 = DS2.vwnd.sel( time='2009-01-28 00:00', level=850, lat=slice(10,-60), lon=slice(260,340) )
vvel850 = np.sqrt( u850*u850 + v850*v850 )
jet850 = vvel850.where( vvel850 >= 12 )
#jet850 = vvel850.where( vvel850 >= 12, vvel850, vvel850.missing_value )
Последняя закомментированная строка - это то, что я хочу сделать: использовать атрибутmissing_value для заполнения, где vvel850 < 12. Последняя строка без комментариев дает мне NaN, чего я пытаюсь избежать.
Это поведение xarray по умолчанию при чтении данных из netCDF? Да или нет, как я могу получить этот атрибут из файловой переменной?
Дополнительная информация: я использую PyNGL (http://www.pyngl.ucar.edu/) для создания контурных графиков, и он не работает с NaN.
Спасибо.
Матеус






Атрибут «missing_value» хранится в словаре encoding. Другие атрибуты, такие как «единицы» или «стандартное_имя», хранятся в словаре attrs. Например:
v850.encoding['missing_value']
Вас также могут заинтересовать некоторые другие функции xarray, которые могут помочь в вашем случае использования:
xr.open_dataset имеет аргумент ключевого слова mask_and_scale. Это отключит преобразование пропущенных/заполненных значений в nans.DataArray.to_masked_array преобразует DataArray (заполненный NaN) в numpy.MaskedArray для использования в графических программах, таких как Matplotlib или PyNGL.
Спасибо @jhamman, я использовал второе предложение, и оно работает очень хорошо.