Бот Telegram - текст sendMessage

Специальные символы в вашем тексте вызваны вызовом urlencode().

Поскольку вы передаете данные как POSTFIELD, нет необходимости использовать urlencode()

Кроме того, были некоторые синтаксические ошибки, такие как лишний . позади $mess = $mess. " this is new line".;.

Обновленный скрипт:

<?php
    $update = file_get_contents('php://input');
    $update = json_decode($update, true);
    $chatId= $update["message"]["from"]["id"]?$update["message"]["from"]["id"]:null;
    $mess= "here is my text.";
    $mess = $mess. "\n";
    $mess = $mess. " this is new line";

    send($mess, $chatId);

    function send($text,$chat){

        $parameters = array(
            "chat_id" => $chat,
            "text" => $text,
            "parse_mode" => "Markdown"
        );

        api("sendMessage", $parameters);
    }

    function api($method, $command){

        $token = "!!";
        $api = "https://api.telegram.org/bot{$token}/{$method}";

        if (!$curld = curl_init()){
           echo $curld;
        }
        // curl_setopt($curld, CURLOPT_VERBOSE, true);
        curl_setopt($curld, CURLOPT_POST, true);
        curl_setopt($curld, CURLOPT_POSTFIELDS, $command);
        curl_setopt($curld, CURLOPT_URL, $api);
        curl_setopt($curld, CURLOPT_RETURNTRANSFER, TRUE);
        curl_setopt($curld, CURLOPT_TIMEOUT, 30);
        curl_setopt($curld, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, FALSE);
        curl_setopt($curld, CURLOPT_SSL_VERIFYHOST, FALSE);
        $apiRequest = curl_exec($curld);
        curl_close($curld);
        return $apiRequest;
    }

Рассмотрите возможность использования библиотеки westacks/telebot. Этот код делает то же самое, но с меньшим количеством кода и более понятным

<?php 

require 'vendor/autoload.php';

use WeStacks\TeleBot\TeleBot;

// Init bot
$bot = new TeleBot('your bot token');

// Get update from incoming POST request
$update = $bot->handleUpdate();

// Send message
$bot->sendMessage([
    'chat_id' => $update->chat()->id,
    'text' => "here is my text.\n this is new line",
    "parse_mode" => "Markdown"
]);