Проверьте разница. Это в проекте GNU (разумеется, с открытым исходным кодом), и еще много ссылок на реализации можно найти в статье в Википедии. Находим сравнение разных таких программ здесь.
Существует Менес Дифф, который предоставит вам реализацию diff на C#. Исходный код прилагается. Я использовал его в прошлом с хорошим успехом, заключив его в свою собственную реализацию.
ссылка больше не устарела
проверьте эту ссылку "хороший построчный алгоритм различий" http://www.codeproject.com/KB/recipes/diffengine.aspx
Также есть порт C# для Google (Нил Фрейзер) diff, match и patch.
Как насчет этого? : ДИФФПЛЕКС
Это не реализация C#