Читать файлы nifti 3d слайсер по сравнению с другими методами
У меня есть несколько файлов nii.gz, которые, когда я открываю с помощью imajeJ или любой библиотеки Python, такой как SimpleITK или Monai, я получаю стопку изображений МРТ, как если бы они были взяты сверху вниз. При этом, когда я открываю тот же файл с помощью слайсера, я также получаю стопку изображений, снятых сбоку и спереди, каналов G и Y. Мой вопрос в том, существуют ли внутри файла изображения под разными углами, или 3D-слайсер делает вывод, как эти каналы будут выглядеть на основе R-канала. Я спрашиваю об этом, потому что другие методы, похоже, не могут найти другие представления. Спасибо.
3D слайсер
ИзображениеJ
Монай. SimpleITK в Google Colab
Ответы 2
И SimpleITK, и Slicer представляют ваш файл Nifti в виде трехмерного изображения, то есть трехмерного массива пикселей. Monai/SimpleITK просто выбирает отображение этого 3D-изображения в виде набора 2D-срезов и использует направление Z для разрезания 3D-объема на ломтики.
Slicer на своем 4-рядном дисплее также отображает 2D-нарезки на исходное 3D-изображение. Однако он выбирает разрезание 3D-изображения по всем трем осям (X, Y и Z).
Такие программы просмотра, как Slicer, ITK-Snap и т. д., также отображают вид с разных анатомических плоскостей. В зависимости от ориентации пациента внутри объема содержащаяся объемная информация может отображаться в трех плоскостях и соответствующих им осях. Каждое изображение в этом представлении — это просто 2D-представление среза вдоль одной из осей.
Так что да, эта информация просто выводится и обычно не содержится в файле DICOM (или NIFTI) и выводится исключительно для целей просмотра.