Я пытался прочитать 700 постельных файлов и сохранить их в один файл csv. У меня нет проблем с этой частью. Я должен добавить один столбец в каждый файл в виде штрих-кода, этот штрих-код является частью имени каждого файла (имя файла TCGA-02-0047-01A-01R-1849-01
, часть штрих-кода TCGA-02-0047-01A
), каждый файл состоит из 64000 строк. Это означает, что в столбце штрих-кода я повторяю одно и то же значение 67000 раз. Код, который я написал, работает, но я застрял в цикле for
и не работает.
Это мой код:
import pyranges as pr
import pandas as pd
import os
H = ["chrom", "chromStart", "chromEnd", "strand", "gene_symbol", "entrez_gene_id", "transcript_id" , "raw_count", "scaled_estimate", "normalized_count", "barcode"]
list = os.listdir("E:\\newdata")
#extract the barcode
code =[]
for f in list:
x = '-'.join(f.split('-')[0:3])
code.append(x)
print('2')
#find direction of each bed file
newList=[]
for i in range(len(list)):
newList.append("E:\\newdata\\" + list[i])
print('3')
#read the bed files one after another, save it in file and add barcode
for bed in newList: #bed file in newlist
for n in code: #barcode for each bed files
df = pr.read_bed(bed, as_df=True)
df['barcode'] = n #add colum for each bed file
filename = df.to_csv('E:\\data951.csv',mode ='a', header = H, index=False)
Из вашего кода я предполагаю, что код относится к файлу. Таким образом, вы не должны использовать вложенные циклы (один для файлов и один для кодов), а один цикл и использовать код с тем же индексом. И файл CSV должен иметь только один заголовок вверху. Поэтому я бы использовал:
#read the bed files one after another, save it in file and add barcode
# create the csv file and add a header only on first file
header = H
mode = 'w'
for i, bed in enumerate(newList): #bed file in newlist and get its index for the code
n = code[i]: # barcode associated with each bed files
df = pr.read_bed(bed, as_df=True)
df['barcode'] = n #add colum for each bed file
header = None # will append without any header for following files
mode = 'a'
df.to_csv('E:\\data951.csv',mode=mode, header = header, index=False)
@sotoodeh.n: Спасибо за комментарий. Но если это решило вашу проблему, вы должны принять ответ (галочка слева). Таким образом, будущие читатели узнают, что проблема решена.
Большое спасибо, это было так полезно, и моя проблема решена.