Чтение строк по одной из файла и добавление их в связанный список

Протестировано с массивом фиксированного размера из 6 строк, ваши коды работают правильно, и вывод соответствует ожидаемому:

int main()
{
    node *head=NULL;
    char * word[6] = {"Alpha", "Beta", "Alpha", "Teta", "Alpha", "Beta"};

    for(int i = 0; i<6; i++)
    {
        head = add(head, word[i]);
    }
    printList(head);
    return 0;
}

Выход :

word: Alpha || number of word: 3
word: Beta  || number of word: 2
word: Teta  || number of word: 1

Итак, как объясняется в комментариях, проблема скорее в том, как вы выделяете эти строки и/или читаете их из файла.

Как указано выше, есть несколько проблем с вашим кодом:

1. tmp->word = (char)malloc((sizeof(char)* strlen(word) + sizeof(char)));. Malloc возвращает указатель на выделенный адрес, поэтому вы должны написать: tmp->word = (char *)malloc((sizeof(char)* strlen(word) + sizeof(char)));

2. Вот почему вы не получаете ожидаемого результата: tmp->word = word;, делая это, даже если вы выделяете новый узел, его поле слова указывает на текущее слово. Таким образом, когда вы читаете слово в цикле, вы случайно меняете head->word. Так что вы должны делать это таким образом strcpy(tmp->word, word).

Я также добавил исправленный код для справки.

#include<stdio.h>
typedef struct node
{
    char *word;
    int num;
    struct node *next;
} node;

node* addToHead(node *head, char word[])
{
    if (Contains(head, word) == 0)
    {
        node *tmp = (node*)malloc(sizeof(node));
        //tmp->word = (char)malloc((sizeof(char)* strlen(word) + sizeof(char)));
        //tmp->word = word;
        tmp->word = (char *)malloc((sizeof(char)* strlen(word) + sizeof(char)));
        strcpy(tmp->word, word);
        tmp->num = 1;

        if (head == NULL)
        {
            tmp->next = NULL;
            head = tmp;
        }
    }
    return head;
}
node* add(node *head, char word[])
{
    if (Contains(head, word) == 0)
    {
        node *iter = head;
        node *tmp = (node*)malloc(sizeof(node));
        //tmp->word = (char)malloc((sizeof(char)* strlen(word) + sizeof(char)));
        //tmp->word = word;
        tmp->word = (char *)malloc((sizeof(char)* strlen(word) + sizeof(char)));
        strcpy(tmp->word, word);
        tmp->num = 1;
        if (head != NULL)
        {
            while(iter->next != NULL)
                iter = iter->next;

            iter->next = tmp;
            tmp->next = NULL;
            return head;

        }
        else if (head == NULL)
        {
            head = addToHead(head, word);
            return head;
        }

    }
 return head;
}
int Contains(node *head, char word[])
{
    node *iter = head;
    while(iter!= NULL)
    {
        if (strcmp(iter->word, word) == 0)
        {
            iter->num++;
            return 1;
        }
        iter = iter->next;
    }
    return 0;
}
void printList(node *head)
{
    node *iter = head;
     while(iter!=NULL)
    {
        printf("word: %s || number of word: %d\n", iter->word, iter->num);
        iter=iter->next;
    }
}
   int main()
   {
        node *head=NULL;


    FILE* file= fopen("text.txt", "r");
    char word[500];

    for(int i = 0; fscanf(file, "%s", word) != EOF; i++)
    {

        head = add(head, word);

        printList(head);


    }
    printList(head);




    return 0;
}