Я думал, что BEAST не допускает отрицательной длины ветвей на уровне предыдущего распределения, поэтому я очень удивился, когда посмотрел на свое консенсусное дерево в Смоковница.
В чем может быть причина этого и как бороться с этим явлением?
Я анализирую около 1500 таксонов ВГА (подтип: IA, регион: VP1) по следующим параметрам: GTR+Г, Строгие часы, Коалесцентная постоянная популяция. Дерево создано пользователем деревоаннотатор через ~/beast/bin/treeannotator -heights median -burnin 20 -limit 0.5 VP1_test_bt_ExpPop.trees VP1_test_bt_ExpPop.tree
Я нашел ответ на ResearchGate от Сантьяго Санчес-Рамирес и позвольте мне процитировать его здесь:
Try using the option
-heights ca
when you run TreeAnnotator. This stands for "common ancestor trees" and aims at summarizing clade ages across all posterior trees and not only the values for subset of trees that have that clade. If that subset of trees is low in frequency the average node height might end up being older than the direct ancestor. Here is the explanation for negative branches: "MCC trees produced by TreeAnnotator can have a descendent node that is older than its direct ancestor (a negative branch length). This may seem like an error but is actually the correct behaviour. The MCC tree is, by default, generated with average node heights across all trees in the sample which contain that clade. The negative branch lengths result when a clade is at low frequency and tends not to occur in those trees that have the MCC tree's ancestral clade (or vice versa). This means the average heights are for the adjacent nodes are derived from different sets of trees and may not have any direct ancestor-descendent relationship." In this paper you will find more information about theca
option: Looking for trees in the forest: Summary tree from posterior samples