Я пытаюсь установить OpenCL для БИГЛЬ. Сначала я скачал intel_sdk_for_opencl_applications_2020.3.494.tar.gz из здесь. Затем я разархивировал его и запустил install.sh. Установка прошла успешно. У меня установлен BEAGLE, поэтому я решил перейти в папку строить в бигль-либ и запустить cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=$HOME ..
, чтобы продолжить запуск make install
, но получаю следующее сообщение:
-- JAVA_HOME=
-- JNI_INCLUDE_DIRS=/usr/lib/jvm/java/include;/usr/lib/jvm/java/include/linux;/usr/lib/jvm/java/include
-- JNI_LIBRARIES=/usr/lib/jvm/java/lib/libjawt.so;/usr/lib/jvm/java/lib/server/libjvm.so
-- Not using libtools for plugins
-- Could NOT find OpenCL (missing: OpenCL_LIBRARY OpenCL_INCLUDE_DIR)
CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR not found or specified
-- Could NOT find CUDA (missing: CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR CUDA_NVCC_EXECUTABLE CUDA_INCLUDE_DIRS CUDA_CUDART_LIBRARY)
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /export/home/rinkman/beagle-lib/build
Я попытался установить переменные среды и оболочки в
OpenCL_LIBRARY=~/intel/system_studio_2020/opencl/SDK/include/CL/cl.h
OpenCL_INCLUDE_DIR=True
Но результат запуска cmake тот же. Я проверил, что переменные были настроены правильно. Так и не могу понять что не так. Я хочу использовать инфраструктуру OpenCL в BEAGLE, когда запускаю программное обеспечение BEAST 2. Пожалуйста, может ли кто-нибудь помочь с этим?
P.S. Я новичок в Linux.
Мой результат бега beast -beagle-info
:
BEAST v2.6.6, 2002-2021
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees
Designed and developed by
Remco Bouckaert, Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut & Marc A. Suchard
Centre for Computational Evolution
University of Auckland
[email protected]
[email protected]
Institute of Evolutionary Biology
University of Edinburgh
[email protected]
David Geffen School of Medicine
University of California, Los Angeles
[email protected]
Downloads, Help & Resources:
http://beast2.org/
Source code distributed under the GNU Lesser General Public License:
http://github.com/CompEvol/beast2
BEAST developers:
Alex Alekseyenko, Trevor Bedford, Erik Bloomquist, Joseph Heled,
Sebastian Hoehna, Denise Kuehnert, Philippe Lemey, Wai Lok Sibon Li,
Gerton Lunter, Sidney Markowitz, Vladimir Minin, Michael Defoin Platel,
Oliver Pybus, Tim Vaughan, Chieh-Hsi Wu, Walter Xie
Thanks to:
Roald Forsberg, Beth Shapiro and Korbinian Strimmer
--- BEAGLE RESOURCES ---
0 : CPU
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE COMPUTATION_SYNCH EIGEN_REAL EIGEN_COMPLEX SCALING_MANUAL SCALING_AUTO SCALING_ALWAYS SCALERS_RAW SCALERS_LOG VECTOR_SSE VECTOR_NONE THREADING_NONE PROCESSOR_CPU FRAMEWORK_CPU
Один на моем компьютере с Windows для сравнения:
BEAST v2.6.6, 2002-2021
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees
Designed and developed by
Remco Bouckaert, Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut & Marc A. Suchard
Centre for Computational Evolution
University of Auckland
[email protected]
[email protected]
Institute of Evolutionary Biology
University of Edinburgh
[email protected]
David Geffen School of Medicine
University of California, Los Angeles
[email protected]
Downloads, Help & Resources:
http://beast2.org/
Source code distributed under the GNU Lesser General Public License:
http://github.com/CompEvol/beast2
BEAST developers:
Alex Alekseyenko, Trevor Bedford, Erik Bloomquist, Joseph Heled,
Sebastian Hoehna, Denise Kuehnert, Philippe Lemey, Wai Lok Sibon Li,
Gerton Lunter, Sidney Markowitz, Vladimir Minin, Michael Defoin Platel,
Oliver Pybus, Tim Vaughan, Chieh-Hsi Wu, Walter Xie
Thanks to:
Roald Forsberg, Beth Shapiro and Korbinian Strimmer
--- BEAGLE RESOURCES ---
0 : CPU
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE COMPUTATION_SYNCH EIGEN_REAL EIGEN_COMPLEX SCALING_MANUAL SCALING_AUTO SCALING_ALWAYS SCALERS_RAW SCALERS_LOG VECTOR_SSE VECTOR_NONE THREADING_NONE PROCESSOR_CPU FRAMEWORK_CPU
1 : NVIDIA GeForce 940MX
Global memory (MB): 2048
Clock speed (Ghz): 1.19
Number of cores: 384
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE COMPUTATION_SYNCH COMPUTATION_ASYNCH EIGEN_REAL EIGEN_COMPLEX SCALING_MANUAL SCALING_AUTO SCALING_ALWAYS SCALERS_RAW SCALERS_LOG VECTOR_NONE THREADING_NONE PROCESSOR_GPU FRAMEWORK_CUDA
2 : Intel(R) HD Graphics 620 (OpenCL 2.1 )
Global memory (MB): 3219
Clock speed (Ghz): 1.00
Number of compute units: 24
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE COMPUTATION_SYNCH COMPUTATION_ASYNCH EIGEN_REAL EIGEN_COMPLEX SCALING_MANUAL SCALING_AUTO SCALING_ALWAYS SCALERS_RAW SCALERS_LOG VECTOR_NONE THREADING_NONE PROCESSOR_GPU FRAMEWORK_OPENCL
3 : Intel(R) Core(TM) i5-7200U CPU @ 2.50GHz (OpenCL 2.1 (Build 10))
Global memory (MB): 8067
Clock speed (Ghz): 2.50
Number of compute units: 4
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE COMPUTATION_SYNCH COMPUTATION_ASYNCH EIGEN_REAL EIGEN_COMPLEX SCALING_MANUAL SCALING_AUTO SCALING_ALWAYS SCALERS_RAW SCALERS_LOG VECTOR_NONE THREADING_NONE PROCESSOR_CPU FRAMEWORK_OPENCL
@Tsyvarev: CMAKE_INSTALL_PREFIX
это место, где в конечном итоге должна быть установлена сборка к, а не место, где искать зависимости.
Could NOT find OpenCL (missing: OpenCL_LIBRARY OpenCL_INCLUDE_DIR)
Это означает, что переменные CMakeOpenCL_LIBRARY
и OpenCL_INCLUDE_DIR
отсутствуют, так как OpenCL найти не удалось.
Установка этих двух переменных среды ничего не меняет.
Вам нужно сообщить CMake, где находятся вещи, если они не установлены в стандартные каталоги (как это происходит с вашей установкой OpenCL).
Попробуйте добавить -DOCL_ROOT=path/to/base/of/your/OpenCL
к вашему вызову CMake, чтобы получить подсказку для конкретного пакета, или -DCMAKE_LIBRARY_PATH=path/to/...
, чтобы CMake выполнил поиск по этому пути (в дополнение к стандартным путям) пакета Любые, который он может искать. Убедитесь, что вы заранее очистили все кэшированные файлы, чтобы CMake работал без ошибок и не использовал кэшированные значения.
Решение состояло в том, чтобы установить переменные через -D
в cmake
как cmake -DOpenCL_INCLUDE_DIR=~/intel/system_studio_2020/opencl/SDK/include/ -DOpenCL_LIBRARY=~/intel/system_studio_2020/opencl/SDK/lib64/libOpenCL.so.1.2 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=$HOME ..
.
После этого компиляция прошла успешно. make test
выполнилось без проблем. Я обнаружил файл libhmsbeagle-opencl.so.40.0.0 в папке ~/библиотека.
Это обходной путь, а не решение.
Задайте для переменной
CMAKE_PREFIX_PATH
установочный префикс OpenCL (тот, который вы передалиCMAKE_INSTALL_PREFIX
при установке библиотеки). Таким образом, сам CMake должен установить переменныеOpenCL_LIBRARY
иOpenCL_INCLUDE_DIR
. Это переменные CMake, поэтому устанавливать их в Окружающая среда не имеет смысла. См. также этот вопрос: stackoverflow.com/questions/34795816/…