Я прочитал все вопросы, похожие на "как рассчитать время до события/время между событиями" и документацию для Surv(), coxph, coxme. Мне все еще нужна помощь, чтобы подтвердить, правильно ли я настроил свои данные. Это представляет мои данные:
library(data.table)
library(survival)
library(coxme)
snippet <- data.table(age=c(rep(74,3),rep(73,3),rep(69,3)),
sex=c(rep(0,3),rep(1,3),rep(0,3)),
year=c(0:2,0:2,0:2),
CHEM_376=c(0.036469233, 0.262701338, 0.120690616, -0.197499658, -0.231236627, -0.368920289, -0.106358638, -0.055245055, -0.141187835),
subject=c(rep(1,3),rep(2,3),rep(3,3)),
status=c(0,0,1,0,0,1,0,0,1))
Я хочу запустить регрессию пропорциональных рисков Кокса с идентификатором субъекта в качестве случайного эффекта (из пакета coxme), химического вещества CHEM_376, измеряемого каждый год, и некоторых ковариантов, таких как возраст и мужчина. Следующее работает, но я не уверен, что это правильно:
coxph(Surv(time=year, event=status) ~ CHEM_376 + age + sex + cluster(subject), data=snippet)
Понимает ли пакет, что год — это номер года, когда произошли эти наблюдения, а не время изменения статуса? Нужно ли мне считать годы, пока статус не изменится на 1 для каждого человека? Я не уверен, как это сделать. Обратите внимание, что год не является форматом даты и времени posix. Спасибо за любую помощь заранее.
Когда вы создаете объект Survival с помощью Surv
, аргумент time
представляет собой интервал в годах (или днях, неделях и т. д.) между началом наблюдения и временем события. Вы также можете указать аргументы time
и time2
, чтобы указать время начала и окончания интервалов выживания.
Аргумент event
указывает, произошло ли событие: 1 — да (субъект мертв), 0 — нет (субъект жив или подвергся цензуре — исключен из исследования и т. д.).
Google «Анализ выживания с R», чтобы найти несколько статей об этом.
Вы можете объяснить в контексте пакета coxme? он одновременно выполняет моделирование PH и смешанных эффектов.