Добавьте скрипт Python в CMakeLists.txt

Вы можете использовать модуль FindPython в сочетании с add_custom_command.

find_package(Python REQUIRED COMPONENTS Interpreter)

add_custom_command(
    OUTPUT <output_path>
    COMMAND ${Python_EXECUTABLE} <somepythonscript.py> <input_file_path> <output_file_path>
    DEPENDS <somepythonscript.py> <input_file_path>
)

Однако, чтобы файл был сгенерирован, вам нужно добавить его где-нибудь как зависимость, например. указав его как источник цели.

Если вы уверены, что файл не нужно регенерировать, вы можете использовать execute_process вместо add_custom_command