Добавление атрибутивных данных в классифицированный растр дает странные результаты в terra R

Проблема, похоже, в том, что классы в таблице атрибутов не соответствуют диапазону значений в растре (после добавления новых значений). Мы могли бы сохранить совпадение, сначала вычислив интервалы классов для непрерывных числовых переменных с помощью функции classIntervals() из пакета classInt, а затем присвоив значения каждому классу.

library(terra)
library(classInt)

f <- system.file("ex/elev.tif", package = "terra") 
r <- rast(f)

# classify the values into three groups
m <- c(min(global(r, "min", na.rm=TRUE)), 275, 1,
       275, 410, 2,
       410, max(global(r, "max", na.rm=TRUE)), 3)

#Reclassify the raster stack
rclmat <- matrix(m, ncol=3, byrow=TRUE)
rc <- classify(r, rclmat, include.lowest=TRUE)
plot(rc)

# calculate class breaks/intervals 
brks <- classIntervals(values(rc), n=3, style = "jenks")$brks

# assign values to classes based on class breaks/intervals
rc$code <- ifelse(values(rc) <= brks[2], 0.002,
                  ifelse(values(rc) <= brks[3], 0.0056, 0.0124))

#Generate raster using the new column
y <- as.numeric(rc, 2)
plot(y)

Вот расширение, показывающее, как мы можем настроить изменение brks[]:

library(terra)
library(classInt)

f <- system.file("ex/elev.tif", package = "terra") 
r <- rast(f)

# classify the values into three groups
m <- c(min(global(r, "min", na.rm=TRUE)), 275, 1,
       275, 410, 2,
       410, max(global(r, "max", na.rm=TRUE)), 3)

#Reclassify the raster stack
rclmat <- matrix(m, ncol=3, byrow=TRUE)
rc <- classify(r, rclmat, include.lowest=TRUE)
plot(rc)

# calculate class breaks/intervals 
brks <- classIntervals(values(rc), n=3, style = "jenks")$brks

# assign values to classes based on class breaks/intervals
rc$code <- ifelse(values(rc) <= brks[3], 0.002,
                  ifelse(values(rc) <= brks[1], 0.0056, 0.0124))

#Generate raster using the new column
y <- as.numeric(rc, 2)
plot(y)

Данные вашего примера

library(terra)
r <- rast(system.file("ex/elev.tif", package = "terra") )
m <- c(-Inf, 275, 1,
           275, 410, 2,
           410, Inf, 3)
rclmat <- matrix(m, ncol=3, byrow=TRUE)
rc <- classify(r, rclmat, include.lowest=TRUE)

Чтобы назначить атрибуты, вы должны использовать levels(x)<- (см. ?levels). Вы используете $<-, но это создает новый слой.

levels(rc) <- data.frame(ID=1:3, code=c(0.002, 0.0056, 0.0124))
rc
#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 90, 95, 1  (nrow, ncol, nlyr)
#resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
#extent      : 5.741667, 6.533333, 49.44167, 50.19167  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 
#source(s)   : memory
#categories  : code 
#name        :   code 
#min value   :  0.002 
#max value   : 0.0124 

Если вы теперь хотите поместить значения «кода» в ячейки, вы можете продолжить

y <- as.numeric(rc, 1)

(это должно быть 1, а не 2, так как у вас есть только одна категория.)

Вы также можете сделать это с помощью

rc <- classify(r, rclmat, include.lowest=TRUE)
s <- subst(rc, 1:3, c(0.002, 0.0056, 0.0124))

но если это тот результат, который вам нужен, вы должны использовать эти значения в classify, чтобы вы могли сделать это за один шаг.

m <- c(-Inf, 275, 0.002,  
        275, 410, 0.0056,
        410, Inf, 0.0124)

rclmat <- matrix(m, ncol=3, byrow=TRUE)
rc <- classify(r, rclmat, include.lowest=TRUE)

Обратите внимание, что вы можете еще больше упростить исходный (не тот, что выше) вызов classify:

rc <- classify(r, c(-Inf, 275, 410, Inf), include.lowest=TRUE)