Добавление полос ошибок из разных столбцов в сгруппированную гистограмму с помощью ggplot2

Я хотел бы добавить планки погрешностей к моей гистограмме. Данные для стандартных отклонений находятся в двух разных столбцах.

Это мой барплот:

# load packages
> library(data.table)
> library(ggplot2)
> library(tidyr)
> 
> results <- fread("Results.csv", header=TRUE, sep = ";")
> 
> str(results)
Classes ‘data.table’ and 'data.frame':  7 obs. of  5 variables:
 $ Organism   : chr  "AC1432" "D3425" "BF3523" "XR2405" ...
 $ Molecule1  : num  39.5 418.4 189.2 49.3 4610.9 ...
 $ Molecule1sd: num  19.6 70.9 102.8 21.2 275.9 ...
 $ Molecule2  : num  276 6511 235 500 11205 ...
 $ Molecule2sd: num  21 291.1 109.7 67.1 94.5 ...
 - attr(*, ".internal.selfref")=<externalptr> 
> 
> df <- data.frame(results)
> 
> str(df)
'data.frame':   7 obs. of  5 variables:
 $ Organism   : chr  "AC1432" "D3425" "BF3523" "XR2405" ...
 $ Molecule1  : num  39.5 418.4 189.2 49.3 4610.9 ...
 $ Molecule1sd: num  19.6 70.9 102.8 21.2 275.9 ...
 $ Molecule2  : num  276 6511 235 500 11205 ...
 $ Molecule2sd: num  21 291.1 109.7 67.1 94.5 ...
> 
> 
> 
> # Manually set factor levels of 'Organism' column to plot in a logical order.
> df$Organism = factor(df$Organism, 
+                      levels=c("without organism", "AC1432", "BF3523", "XR2405", "D3425", "XR2463", "ATF259"))
> 
> df.g <- gather(df, Molecule1, Molecule2, -Organism, -Molecule1sd, -Molecule2sd)
> df.sd <- gather(df, Molecule1sd, Molecule2sd, -Molecule1, -Molecule2, -Organism)
> ggplot(df.g, aes(Molecule1, Molecule2)) + 
+     geom_bar(aes(fill = Organism), stat = "identity", position = "dodge")

гистограмма без полосы ошибок

используемые данные:

> dput(df)
structure(list(Organism = structure(c(2L, 5L, 3L, 4L, 6L, 7L, 
1L), .Label = c("without organism", "AC1432", "BF3523", "XR2405", 
"D3425", "XR2463", "ATF259"), class = "factor"), Molecule1 = c(39.45920899, 
418.4234805, 189.162295, 49.314698, 4610.921188, 751.7070352, 
35), Molecule1sd = c(19.55450482, 70.91013667, 102.7566193, 21.20841393, 
275.8934527, 71.62450643, NA), Molecule2 = c(275.9147606, 6510.974605, 
235.247381, 499.8928585, 11205.33907, 9507.869294, 250), Molecule2sd = c(21.04668977, 
291.1223384, 109.652064, 67.1000078, 94.54544271, 707.1950335, 
NA)), row.names = c(NA, -7L), class = "data.frame")

и это моя проба для баров ошибок

ggplot(df.g, aes(Molecule1, Molecule2)) + 
  geom_bar(aes(fill = Organism), stat = "identity", position = "dodge") +geom_errorbar(df.sd, aes_Molecule1(ymin=Molecule1-Molecule1sd, ymax=Molecule1+Molecule1sd),aes_Molecule2(ymin=Molecule2-Molecule2sd, ymax=Molecule2+Molecule2sd), width=.2 )

но моя идея не работает. Как добавить планки погрешностей из двух разных столбцов?

Можете ли вы опубликовать образец ваших данных с возможностью копирования и вставки с помощью dput?

— 13.12.2020 21:24

r ggplot2

13.12.2020 20:08

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Было бы проще, если бы вы изменили свой набор данных со столбцами для организма, молекулы, среднего значения и стандартного отклонения. Вот tidyverse способ сделать это:

Пакет и набор данных

library(tidyverse)  

df <- data.frame(Organism = c("AC1432", "D3425", "BF3523", "XR2405",  
                              "XR2463", "ATF259", "without organism"),
                 Molecule1 = c(39.5, 418.4, 189.2, 49.3, 
                               4610.9, 800, 10),
                 Molecule1sd = c(19.6, 70.9, 102.8, 21.2, 
                                 275.9, 100, 1),
                 Molecule2 = c(276, 6511, 235, 500, 
                               11205, 9500, 250),
                 Molecule2sd = c( 21, 291.1, 109.7, 67.1,
                                  94.5, 50, 2))

# I estimated the not shown values in your str(result)

Изменение формы

df2 <- df %>%
  # add meaningful ending to columnnames containing mean (m)
  select(Molecule1m = Molecule1, 
         Molecule2m = Molecule2,
         everything()) %>%
  # gather whole dataset into Molecule, mean, sd
  pivot_longer(cols = -Organism,
               names_to = c("Molecule", ".value"),
               names_pattern = "(Molecule[12])(.)") %>%
  # factor reorder levels
  mutate(Organism = factor(Organism,
                           levels=c("without organism", "AC1432", 
                                    "BF3523", "XR2405", 
                                    "D3425", "XR2463", "ATF259")))

Сюжет

ggplot(df2, aes(x = Molecule,
                y = m,
                fill = Organism)) +
  geom_col(position = "dodge") +
  geom_errorbar(aes(ymin = m - s, ymax = m + s),
                position = "dodge")

13.12.2020 21:36

Другие вопросы по теме

Использование mapply с ggplot

R ggpot: Размещение на одной странице нескольких ggplots, созданных с помощью цикла / имени каждого графика по-разному

Ручное изменение типа линии в ggplot

Как: создать график для 3 категориальных переменных и непрерывной переменной в R?

Использование ggplot для построения нескольких линий вдоль оси x, окрашенных в соответствии с их группой, но остающихся отдельными

Сетка-макет нескольких ggplots, сгенерированных с помощью функции lapply поверх facet_grid()

Гистограммы в ggplot2 с файлами .csv

Как расположить легенду по процентам и оставить остальные в конце в ggplot

Создание положительной отрицательной гистограммы в r

Как добавить число и процент в круговую диаграмму в ggplot

Добавление полос ошибок из разных столбцов в сгруппированную гистограмму с помощью ggplot2

Ответы 1

Другие вопросы по теме

Похожие вопросы