Dockerfile для shinyapp

Я пытаюсь создать Dockerfile для блестящего приложения. Используемые пакеты: shiny, ggplot2. Приложение (app.R) будет запущено через файл app_run.R с помощью следующей команды "Rscript app_run.R"

Я использовал рокер-контейнер, но я думаю, что он установил всевозможные пакеты. Кто-нибудь знает, как создать абсолютно простой Dockerfile для запуска shinyapp? и есть ли в моем Dockerfile устаревшие строки?

Dockerfile, который я построил:

FROM rocker/r-ver:3.5.1
#install necessary libraries
RUN R -e "install.packages(c('ggplot2','shiny'))"
COPY . /usr/local/src/app
WORKDIR /usr/local/src/app
CMD ["Rscript","app_run.R"]

Большое спасибо.

Этот Dockerfile не работает? Что оно делает? Похоже, он добавляет ggplot2 и shiny к базовому изображению рокера, копирует файлы из вашего рабочего каталога в / usr / local / src / app, а затем запускает Rscript на app_run.R оттуда. Если он существует и запускает ваше блестящее приложение, то это должно сработать.

Spacedman 10.08.2018 15:39

Там нет ничего устаревшего. Это как можно более минимальный файл Docker для того, что вы делаете. Если вы пытаетесь создать более легкий изображение, возможно, вы захотите собрать из базового образа Linux и установить в него R, а затем вы сможете управлять пакетами внутри. Суть изображения рокера в том, что отчасти вы готовите большую часть кухонной мойки к работе.

Spacedman 10.08.2018 15:42

Все заработало. Я просто думаю, что он установил много пакетов, которые мне не нужны, когда я запускал файл. Вероятно, потому что rocker / r-ver: 3.5.1 содержит множество установок пакетов. (Я действительно новичок в докере). Мне было интересно, могу ли я назвать что-то попроще (возможно, не используя рокер).

Beveline 10.08.2018 15:45

Спасибо. Просто из интереса: как мне создать базовый образ Linux?

Beveline 10.08.2018 15:47

Если вы посмотрите на Dockerfiles рокера, вы можете отследить его до образа рокера / r-ver, который имеет "FROM debian: stretch" - затем он добавляет зависимости и строит R: hub.docker.com/r/rocker/r-ver/~/dockerfile

Spacedman 10.08.2018 15:50
0
5
422
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

С моей точки зрения, есть только одна небольшая проблема с вашим Dockerfile: на каком порту будет обслуживаться блестящее приложение? По умолчанию shiny использует случайный порт, что на самом деле бесполезно, когда вы запускаете контейнер докеров и хотите сопоставить какой-то отдельный порт из контейнера с хостом. Обычно я использую порт 3838 следующим образом:

FROM rocker/r-ver:3.5.1
#install necessary libraries
RUN R -e "install.packages(c('ggplot2','shiny'))" \
 && echo 'options(shiny.port = 3838, shiny.host = "0.0.0.0")' >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site \
 && rm -rf /tmp/*

EXPOSE 3838

COPY . /usr/local/src/app
WORKDIR /usr/local/src/app
CMD ["Rscript","app_run.R"]

Позже я могу использовать

docker run -p 3838:3838 <shiny_image>

и приложение будет доступно на http://localhost:3838.

Если вам нужно что-то меньшее, вы можете использовать

FROM debian:buster-slim

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends \
            r-cran-shiny r-cran-ggplot2 \
 && echo 'options(shiny.port = 3838, shiny.host = "0.0.0.0")' >> /etc/R/Rprofile.site \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

EXPOSE 3838

COPY . /usr/local/src/app
WORKDIR /usr/local/src/app
CMD ["Rscript","app_run.R"]

Без всех пакетов для разработки это могло бы быть меньше.

Другие вопросы по теме