Дублировать контрольные строки по группам

У меня есть набор данных с рядом сгруппированных процедур. Параллельно в паре независимых групп собирали положительный и отрицательный контроль. Для построения графиков и дальнейшего анализа я хотел бы продублировать контрольные группы для каждой отдельной лечебной группы. Так что мои сюжеты поворачиваются от этого:

к этому:

В dplyr я понял, как определить и сгенерировать столбец с правильными контрольными значениями, но проблема заключается в том, как дублировать полные строки набора данных и добавлять их, а не просто добавлять «положительный контроль» и «отрицательный контроль». столбец для каждой соответствующей группы. Такой подход работает, но означает, что вы действительно можете хранить только суммарное значение (например, среднее), которое копируется для каждого лечения, а не сохранять отдельные показания.

librar(ggplot)

before <- structure(list(group = c("grp1", "grp1", "grp1", "grp1", 
"grp2", "grp2", "grp2", "grp2", "grp3", "grp3", "grp3", "grp3", 
"neg", "neg", "pos", "pos"), treatment = c("A", "B", "C", 
"D", "A", "B", "C", "D", "A", "B", "C", "D", "none", "none", 
"none", "none"), value = c(3L, 5L, 7L, 9L, 2L, 4L, 6L, 8L, 3L, 
4L, 6L, 9L, 12L, 10L, 1L, 2L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -16L))

ggplot(data = before, aes(x=treatment, y=value)) + geom_boxplot() + facet_wrap (~group)

after <- structure(list(group = c("grp1", "grp1", "grp1", "grp1", "grp1", "grp1", 
"grp1", "grp1", "grp2", "grp2", "grp2", "grp2", "grp2", "grp2", 
"grp2", "grp2", "grp3", "grp3", "grp3", "grp3", "grp3", "grp3", 
"grp3", "grp3"), treatment = c("A", "B", "C", "D", "neg", "neg", 
"pos", "pos", "A", "B", "C", "D", "neg", "neg", "pos", "pos", 
"A", "B", "C", "D", "neg", "neg", "pos", "pos"), value = c(3L, 
5L, 7L, 9L, 12L, 10L, 1L, 2L, 2L, 4L, 6L, 8L, 12L, 10L, 1L, 2L, 
3L, 4L, 6L, 9L, 12L, 10L, 1L, 2L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -24L))

ggplot(data = after, aes(x=treatment, y=value)) + geom_boxplot() + facet_wrap (~group)
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
0
71
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Вариант состоит в том, чтобы filter строки с «neg», «pos» в столбце group и связать строки с исходными данными group_split без «neg», «pos» в столбце group

library(dplyr)
library(tidyr)
library(purrr)
tmp <- before %>% 
          # // filter the rows where the group values are 'neg', 'pos'
          filter(group %in% c('neg', 'pos')) %>%
          # // then replace the treatment values with the group column values
          mutate(treatment = group) %>%
          # // remove the group
          select(-group) 

Теперь мы filter только строки без «neg», «pos» в group

out <- before %>%  
     # // remove the rows where the 'neg' and 'pos' values are in group
     filter(!group %in% c('neg', 'pos')) %>%
     # // returns a list of data.frame/tibbles       
     group_split(group) %>% 
     # // loop over the list, then bind the data with the tmp data
     # // _dfr binds the list element as row binding
     map_dfr(~ bind_rows(.x, tmp) %>% 
                       # // As removed the group column in tmp
                       # // its values are NA
                       # // use fill to replace NA with non-NA previous value
                       fill(group))

-выход

out
# A tibble: 24 x 3
#   group treatment value
#   <chr> <chr>     <int>
# 1 grp1  A             3
# 2 grp1  B             5
# 3 grp1  C             7
# 4 grp1  D             9
# 5 grp1  neg          12
# 6 grp1  neg          10
# 7 grp1  pos           1
# 8 grp1  pos           2
# 9 grp2  A             2
#10 grp2  B             4
# … with 14 more rows

Проверка сюжета

library(ggplot2)
ggplot(data = out, aes(x=treatment, y=value)) +
       geom_boxplot() + 
       facet_wrap (~group)


Это также может быть сделано в одной трубе

before %>% 
    # // replace the treatment values that 'none' with corresponding group values
    mutate(treatment = coalesce(na_if (treatment, 'none'), group)) %>% 
    # // do a group by group
    group_by( group) %>% 
    # // summarise the columns of interest with across
    summarise(across(c(treatment, value), 
      # // append the values in the full dataset where the group
      # // column is 'neg', 'pos'
      ~ c(., dplyr:::peek_mask()$full_data()[[cur_column()]][
          before$group %in% c("neg", "pos")])),
       .groups = 'drop') %>%
    # // filter out the 'pos', 'neg' group rows
    filter(!group %in% c('pos', 'neg'))

-выход

# A tibble: 24 x 3
#   group treatment value
#   <chr> <chr>     <int>
# 1 grp1  A             3
# 2 grp1  B             5
# 3 grp1  C             7
# 4 grp1  D             9
# 5 grp1  neg          12
# 6 grp1  neg          10
# 7 grp1  pos           1
# 8 grp1  pos           2
# 9 grp2  A             2
#10 grp2  B             4
# … with 14 more rows

Спасибо, @akrun. Итак, чтобы пройтись, tmp df представляет собой разделение, чтобы удалить элементы управления из групп обработки и сделать их удобными для добавления. Мы фильтруем все, что не является элементом управления pos/neg, и здесь все становится немного неясным: 'group_split' преобразует каждую группу в отдельные списки? А затем команда map_dfr использует команду, подобную rbind, для добавления tmp df к каждой из разделенных групп (.x)? А потом fill все пересобирает? И если предположить, что это примерно так, будет ли это работать, если будут задействованы дополнительные уровни группировки?

Mario Niepel 25.12.2020 21:27

@MarioNiepel да, это просто filter объединение этих строк с «neg», «pos» и добавление после разделения отфильтрованных данных без строк «neg», «pos» с «tmp».

akrun 25.12.2020 21:28

Извините, я отправил комментарий случайно, когда еще писал/редактировал.

Mario Niepel 25.12.2020 21:32

@MarioNiepel Я добавил описание в каждую строку кода. Надеюсь, это поможет вам

akrun 25.12.2020 21:37

Ты жжешь. Это (и некоторые разумные поиски в Google + метод проб и ошибок) должны меня достать. Спасибо!

Mario Niepel 25.12.2020 21:41

к сожалению, мой победный танец был преждевременным. Я сохранил игрушечный пример простым, но теперь я не понимаю, как справиться с реальной сложностью. «Группа» в моем примере на самом деле является всего лишь одной переменной в схеме обработки с более высоким уровнем вложенности. Для каждой группы на самом деле есть четыре дополнительные группирующие переменные, которые необходимо разделить — все с их собственными соответствующими элементами управления pos/neg. Я думаю, что описанный выше подход объединяет все эти категории в одну, но процесс должен работать на уровне by_group со всеми этими переменными параллельно. (И извините, если непонятно. Попробую отредактировать пост.)

Mario Niepel 25.12.2020 22:36

@MarioNiepel, можете ли вы опубликовать новый вопрос, так как вложенное условие будет отличаться от того, которое у вас есть?

akrun 25.12.2020 22:37

Сделаю. Мне потребуется некоторое время, чтобы даже подумать о том, чтобы опубликовать правильный пример. Фактические данные являются конфиденциальными, но я хочу убедиться, что уловил всю сложность проблемы.

Mario Niepel 25.12.2020 22:44

@MarioNiepel Спасибо. Я также разместил второе решение. Я надеюсь, что вы можете попробовать их тоже

akrun 25.12.2020 22:45

Привет @akrun, я разместил новый вопрос здесь: stackoverflow.com/questions/65453438/… И я также нашел решение, основанное и вдохновленное большей частью информации, которую вы здесь предоставили. Он полагается на муррр, но один шаг, который действительно упростил его, — это использование (full_join) для распространения управляющих значений на каждое условие. И мне еще предстоит много работы, чтобы понять, как работать с различными функциями муррр...

Mario Niepel 26.12.2020 15:29

Другие вопросы по теме