Файлы в /home в контейнере сингулярности недоступны

Может кто-нибудь, пожалуйста, дайте мне знать, как можно получить доступ к файлам в /home в контейнере сингулярности?

Я создал образ докера. В этом образе некоторые пакеты собраны и установлены под /home. Некоторые из них также добавлены в PYTHONPATH в образе докера. Если я запускаю образ, создается контейнер докеров. В этом контейнере я могу получить доступ ко всем файлам под /home и использовать модули Python, которые я добавил. Это полностью рабочий образ докера.

Я хотел использовать пакеты и модули Python в системе HPC. Итак, я преобразовал образ докера в образ сингулярности. Затем я использовал команду singularity shell <image_name.sif> для доступа к оболочке в контейнере. После этого я вижу подсказку ниже.

Singularity> cat /etc/*-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=18.04
DISTRIB_CODENAME=bionic
DISTRIB_DESCRIPTION = "Ubuntu 18.04.6 LTS"
NAME = "Ubuntu"
VERSION = "18.04.6 LTS (Bionic Beaver)"
ID=ubuntu
ID_LIKE=debian
PRETTY_NAME = "Ubuntu 18.04.6 LTS"
VERSION_ID = "18.04"
HOME_URL = "https://www.ubuntu.com/"
SUPPORT_URL = "https://help.ubuntu.com/"
BUG_REPORT_URL = "https://bugs.launchpad.net/ubuntu/"
PRIVACY_POLICY_URL = "https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy"
VERSION_CODENAME=bionic
UBUNTU_CODENAME=bionic
Singularity> 

Основной ОС в системе HPC является Red Hat Linux. Поскольку команда /etc/*-release показывает Ubuntu, кажется, что каталог /etc находится внутри контейнера. Это выглядит разумно. Однако, когда я набираю ls /home, я вижу содержимое /home в операционной системе хоста. Как я могу найти файлы в /home внутри контейнера?

Если я ввожу какие-либо команды для запуска пакетов, установленных в /home внутри контейнера, то оболочка сингулярности печатает command not found. Кроме того, если я запускаю интерпретатор Python, я не могу импортировать какие-либо модули, установленные в контейнере. Хотя версия Python совпадает с версией в контейнере, модули не находятся. PYTHONPATH включает такие пути, как /home/<a_directory_name>, но интерпретатор Python не может найти модули. Несмотря на то, что образ докера полностью функционален, соответствующий образ сингулярности совершенно бесполезен.

Как я могу использовать пакеты и модули Python, установленные в /home, в контейнере сингулярности?

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
53
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

По умолчанию Singularity автоматически монтирует $HOME в контейнер, который будет скрывать все, что было установлено там во время создания образа.

Чтобы пропустить это, используйте флаг --no-home при запуске команды сингулярности. Дополнительные параметры, такие как монтирование дома в другое место, описаны в онлайн-документации и документации по интерфейсу командной строки.

Другие вопросы по теме