Я думаю, вы неправильно понимаете, что делает utils::globalVariables("COUNTS"). Он просто объявляет, что COUNTS является глобальной переменной, поэтому, когда анализ кода увидит

addx <- function(x) {
    COUNTS + x
}

он не будет жаловаться на использование неопределенной переменной. Тем не менее, вы должны фактически создать переменную, например, с помощью явного

COUNTS <- 0

где-то в вашем источнике. Я думаю, что если вы это сделаете, вам даже не понадобится вызов utils::globalVariables("COUNTS"), потому что анализ кода увидит глобальное определение.

Там, где вам это нужно, это когда вы делаете какую-то нестандартную оценку, так что не очевидно, откуда берется переменная. Затем вы объявляете его глобальным, и анализ кода не будет об этом беспокоиться. Например, вы можете получить предупреждение о

subset(df, Col1 < 0)

потому что кажется, что она использует глобальную переменную с именем Col1, но, конечно, это нормально, потому что функция subset() вычисляет нестандартным образом, позволяя вам включать имена столбцов без записи df$Col.

Ответ @ user2554330 отлично подходит для многих вещей.

Если я правильно понимаю, у вас есть COUNTS, который нужно обновлять, поэтому его размещение в среде пакета может быть проблемой.

Один из методов, который вы можете использовать, — это использование локальных сред.

Две альтернативы:

1. Если на него всегда будут ссылаться в одной функции, проще всего будет изменить функцию с

   myfunc <- function(...) {
     # do something
     COUNTS <- COUNTS + 1
   }
   

   к

   myfunc <- local({
     COUNTS <- NA
     function(...) {
       # do something
       COUNTS <<- COUNTS + 1
     }
   })
   

   Что это делает, так это создает локальную среду «вокруг» myfunc, поэтому, когда он ищет COUNTS, он будет немедленно найден. Обратите внимание, что он переназначается с использованием <<- вместо <-, поскольку последний не будет обновлять версию переменной для другой среды.

   На самом деле вы можете получить доступ к этому COUNTS из другой функции в пакете:

   otherfunc <- function(...) {
     COUNTScopy <- get("COUNTS", envir = environment(myfunc))
     COUNTScopy <- COUNTScopy + 1
     assign("COUNTS", COUNTScopy, envir = environment(myfunc))
   }
   

   (Не стесняйтесь называть его COUNTS здесь, я использовал другое имя, чтобы подчеркнуть, что это не имеет значения.)

   Хотя использование get и assign немного неудобно, оно должно требоваться только дважды для каждой функции, которая должна это делать.

   Обратите внимание, что пользователь может добраться до этого, если это необходимо, но ему нужно будет использовать аналогичные механизмы. Возможно, это проблема; в моих пакетах, где мне нужна какая-то форма постоянства, подобная этой, я использовал удобные функции получения/установки.

2. Вы можете поместить среду в свой пакет, а затем использовать ее как именованный список в функциях вашего пакета:

   E <- new.env(parent = emptyenv())
   myfunc <- function(...) {
     # do something
     E$COUNTS <- E$COUNTS + 1
   }
   otherfunc <- function(...) {
     E$COUNTS <- E$COUNTS + 1
   }
   

   Нам не нужна пара функций get/assign, так как E (ужасное имя, выбранное из-за его краткости) должно быть видно всем функциям в вашем пакете. Если вам не нужен доступ пользователя, оставьте его неэкспортированным. Если вы хотите, чтобы пользователи могли получить к нему доступ, экспортируйте его через обычные механизмы пакетов.

Обратите внимание, что в обоих случаях, если пользователь выгружает и перезагружает пакет, значение COUNTS будет потеряно/сброшено.

Я приведу третий вариант на случай, если пользователь хочет/нуждается в прямом доступе или вы не хотите использовать этот тип управления значениями в своем пакете.

3. Заставьте пользователя предоставить его в любое время. Для этого добавьте аргумент к каждой функции, которая в нем нуждается, и попросите пользователя передать среду. Я рекомендую это, потому что большинство аргументов передаются по значению, но среды позволяют ссылочную семантику (передавать по ссылке).

   Например, в вашем пакете:

   myfunc <- function(..., countenv) {
     stopifnot(is.environment(countenv))
     # do something
     countenv$COUNT <- countenv$COUNT + 1
   }
   otherfunc <- function(..., countenv) {
     countenv$COUNT <- countenv$COUNT + 1
   }
   new_countenv <- function(init = 0) {
     E <- new.env(parent = emptyenv())
     E$COUNT <- init
     E
   }
   

   где new_countenv на самом деле просто функция удобства.

   Затем пользователь будет использовать ваш пакет как:

   mycount <- new_countenv()
   myfunc(..., countenv = mycount)
   otherfunc(..., countenv = mycount)