Функция mselect пакета drc не работает внутри функции
Я хотел использовать функцию mselec из пакета drc для выбора лучшей модели набора данных «доза-реакция». Однако mselect не работает, если вы используете его внутри функции.
Следующий код работает:
library(drc)
ryegrass.m1 <- drm(rootl~conc, data = ryegrass, fct = LL.4())
mselect(ryegrass.m1,list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))
Но не этот:
best.fit=function(data){
model1=drm(rootl~conc, data=data, fct=LL.4())
M1=drc::mselect(model1, list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))
return(M1)
}
best.fit(ryegrass)
Я думаю, что проблема связана со средой в R, но я не знаю, как ее исправить. Кто-нибудь может мне помочь?
Ответы 2
Мне удается решить проблему так:
best.fit=function(data){
mf <- match.call(expand.dots = FALSE)
m <- match(c("data"), names(mf), 0L)
data.name=as.character(mf[m])
model1=eval(parse(text=paste0('drm(rootl~conc, data=',data.name, ',fct=LL.4())')))
M1=drc::mselect(model1, list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))
return(M1)
}
best.fit(ryegrass)
Должны быть способы сделать это лучше, но, по крайней мере, сейчас это работает для меня.
Похоже, что функция update в mselect не обращается к исходному фрейму данных при запуске изнутри функции. Мое решение заключалось в том, чтобы добавить аргумент data в строку 34.
[1] my_mselect <- function(...
...
[33] tempObj <- try(update(object, fct = fctList[[i]],
[34] data = object$origData), # <--- line added here
[35] silent = TRUE)
Я также заметил, что ссылка на переменные модели также не работает, если их относительные положения используются вместо их исходных имен, например, при использовании drm(data[, 1] ~ data[, 2], fct = LL.4()). Чтобы избежать этого, вы можете использовать временный фрейм данных в своей функции, установить имена переменных по своему усмотрению и использовать эти имена в вызове drm.
best.fit <- function(data){
tmp_data <- data
names(tmp_data) <- c("Var1", "Var2")
model1 <- drm(Var1 ~ Var2, data = tmp_data, fct = LL.4())
M1 <- my_mselect(model1, list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))
return(M1)
}