Функция PHP exec: как запустить HBPLUS через PHP

У меня проблема, связанная с функцией PHP exec () и выводом программы HBPLUS. Когда я пытаюсь запустить следующую команду «./hbplus pPDBfile.pdb» из терминала Linux, все работает отлично (расширение для ./hbplus не требуется): она создает вывод несколько строк в терминале и файл pPDBfile.hb2. Это то что мне нужно. Вместо этого, когда я пытаюсь запустить его из PHP, он выдает ошибку «Ошибка сегментации».

$hbplus = "hbplus p1a6z.pdb"; //p1a6z.pdb is the pdb I have -> p in front is required.
exec($hbplus); //Segmentation fault.

Более того, я попытался заменить функцию exec () функциями system (), shell_exec () и passthru (). Также я попытался добавить

2>&1

чтобы иметь:

$hbplus = "hbplus p1a6z.pdb 2&>1";

Результат тот же.

У вас есть какие-нибудь предложения? Как вы думаете, проблема связана с выводом нескольких строк?

Заранее спасибо.