Ggsurvplot не отображает комбинированную кривую выживания с add.all = TRUE при фасетировании

Я пытаюсь создать графики выживания, используя пакет survminer в R, с данными, разделенными по генетическим мутациям, и включая сводную строку, представляющую всех людей по всем аспектам. Анализ выживаемости и построение графиков работают нормально, если не использовать add.all в ggsurvplot для нескольких групп (с разделением по полу и типу мутации). Однако при попытке добавить комбинированную кривую выживания по фасетам с помощью add.all = TRUE она отображается не так, как ожидалось. Ниже приведен минимальный воспроизводимый пример с использованием набора данных о легких:

пример:

    library(survival) ; library(survminer)

set.seed(102030)
lung <- lung %>% mutate( mut = sample(c("mutA","mutB"), nrow(lung), replace = T, prob = c(0.5,0.5))) # create 2 groups for demo

# Basic survival curves
fit1 <- survfit(Surv(time, status) ~ 1 , data = lung) # general overall survival 
ggsurvplot(fit1 , data = lung)

# Basic survival curves with 2 groups for sex
fit2 <- survfit(Surv(time, status) ~ sex , data = lung)
ggsurvplot(fit2 , data = lung) 

# Survival curves with 2 variables and 2 groups per variable (problematic part)
fit3 <- survfit(Surv(time, status) ~ sex + mut, data = lung)
ggsurvplot(fit3 , data = lung, facet.by = "mut") # example one facet by mut. Works as intended!
ggsurvplot(fit3 , data = lung, 
           facet.by = "mut", 
           add.all = T) # supposedly should have added a third groups (i.e. a line that represents the number of individuals in each facet) 

# I also tried this approach, but this is not faceting the plot either.
ggsurvplot_combine(
  list(fit1, fit3),
  list(lung, lung),
  facet.by = "mut",
  pval = TRUE,
  risk.table = TRUE,
  conf.int = F,
  palette = "jco"
)

Я ожидаю, что параметр add.all = TRUE добавит сводную кривую по граням, но этого не происходит. Как я могу исправить эту проблему или есть ограничения в функции? Возможно, мне нужно использовать ggsurvplot_group_by или ggsurvplot_facet по-другому.

Текущая версия survminer не позволяет выполнять фасетирование и добавление общей группы. Предложите вам опубликовать запрос на добавление функции или отчет об ошибке на странице github.com/kassambara/survminer/issues

Edward 05.07.2024 09:23
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
1
63
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Поскольку фасетирование (или группировка) и добавление общей группы (add.all=TRUE) не реализовано в survminer (пока), вы можете построить кривые отдельно, а затем использовать arrange_ggsurvplots, чтобы объединить их.

pA <- ggsurvplot(fit3, title = "Mutant A",
                 add.all=TRUE, 
                 data = subset(lung, subset=mut= = "mutA")); pA
pB <- ggsurvplot(fit3, add.all=TRUE, title = "Mutant B",
                 data = subset(lung, subset=mut= = "mutB"))

pAB <- arrange_ggsurvplots(list(pA, pB))
ggsave("pAB.png", pAB, width=10, height=5)

Спасибо за ответ, помогло! И вы правы, мне следует опубликовать это на Github, но я увидел много открытых вопросов на странице Github, на которые нет ответа! Пытаясь, я также наткнулся на пакет ggsurvfit, который кажется более оптимизированным. Это работает хорошо, но удаляет таблицу рисков из графика, когда я объединяю 2 графика, используя ggarrange(pA, pB) или стиль лоскутного шитья pA + pB.

Seymoo 05.07.2024 11:16

Примеры объединения графиков ggsurvfit с сайта: danieldsjoberg.com/ggsurvfit/articles/gallery.html#side-by-s‌​ide

Daniel D. Sjoberg 05.07.2024 15:42

Другие вопросы по теме