Hibernate-JPA без сопоставления классов XML

В настоящее время я изучаю Hibernate и JPA, и я только что наткнулся на следующую проблему:

У меня есть класс сущности под названием User, и этот класс аннотирован аннотацией @Entity (JPA). В моем файле persistence.xml есть сопоставление НЕТ, но я могу без проблем использовать его в своем EntityManager.

Я только что создал еще один объект под названием Comment (некоторые пакеты ниже), он также аннотирован @Entity и также является НЕТ в моем файле persistence.xml. Однако это вызывает исключение org.hibernate.MappingException: Unknown entity при использовании в EntityManager.

Мой файл persistence.xml:

<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?>
<persistence version = "2.1"
             xmlns = "http://xmlns.jcp.org/xml/ns/persistence" xmlns:xsi = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
             xsi:schemaLocation = "http://xmlns.jcp.org/xml/ns/persistence
  http://xmlns.jcp.org/xml/ns/persistence/persistence_2_1.xsd">
    <persistence-unit name = "net.notfab.hibernatetest" transaction-type = "RESOURCE_LOCAL">
        <exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>
        <properties>
            <!-- JPA Properties -->
            <property name = "javax.persistence.provider" value = "org.hibernate.jpa.HibernatePersistenceProvider"/>
            <property name = "javax.persistence.jdbc.driver" value = "org.mariadb.jdbc.Driver"/>
            <property name = "javax.persistence.jdbc.url"
                      value = "jdbc:mariadb://IP:PORT...."/>
            <property name = "javax.persistence.jdbc.user" value = ""/>
            <property name = "javax.persistence.jdbc.password" value = ""/>

            <!-- Hibernate Properties -->
            <property name = "hibernate.connection.provider_class"
                      value = "org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider"/>
            <property name = "hibernate.dialect" value = "org.hibernate.dialect.MariaDBDialect"/>
            <property name = "hibernate.connection.CharSet" value = "utf8mb4_bin"/>
            <property name = "hibernate.connection.characterEncoding" value = "utf8mb4_bin"/>
            <property name = "hibernate.connection.useUnicode" value = "true"/>
            <property name = "hibernate.hbm2ddl.auto" value = "validate" />
            <property name = "hibernate.archive.autodetection" value = "class, hbm" />

            <!-- Hikari Properties -->
            <property name = "hibernate.hikari.minimumIdle" value = "5"/>
            <property name = "hibernate.hikari.maximumPoolSize" value = "10"/>
            <property name = "hibernate.hikari.idleTimeout" value = "15000"/>
            <property name = "hibernate.hikari.leakDetectionThreshold" value = "30000"/> <!-- 30 Seconds -->
            <property name = "hibernate.hikari.poolName" value = "TestPool"/>
        </properties>
    </persistence-unit>
</persistence>

Что может быть причиной такого странного поведения?

Есть ли у меня способ продолжить использование аннотированных классов, не объявляя их в XML-файле? (Уже 2018 год - аннотации намного лучше!).

Примечание. Этот вопрос аналогичен, но их конечной целью стало отображение в XML, чего я стараюсь избегать всеми способами. Я также ищу объяснение вышеупомянутому поведению.

Обновлено: в соответствии с комментариями, вот полная трассировка стека https://hastebin.com/haguniheca.cs (а также здесь https://hasteb.in/ipuzojoc.cs на случай, если hastebin снова упадет).

В этом сценарии я не использую Spring.

Изменить 2: Здесь - моя сущность.

Изменить 3: это проект gradle, работающий из автономного (затененного) файла jar на Java SE, в настоящее время использующий следующий список зависимостей для сохранения (среди прочего):

compile group: 'org.hibernate', name: 'hibernate-hikaricp', version: '5.3.3.Final'
compile group: 'org.mariadb.jdbc', name: 'mariadb-java-client', version: '2.2.6'

Изменить 4: в соответствии с комментарием Евгения я провел некоторое тестирование, и причиной проблемы, похоже, является IntelliJ. Проблема устранена путем запуска затененного файла jar из командной строки. (Может быть, путь к классам отличается при запуске отладки приложения?). Тогда возникает вопрос: «Как я могу исправить конфигурацию запуска IntelliJ для моего приложения?».