Ifelse устанавливает другой аргумент в ggplot2

Одним из решений здесь было бы просто повторить значение Ture_or_not по длине векторов названия цвета:

FF <- function(Ture_or_not) {
    p <- ggplot(test, aes(x=F1, y=F2)) +
        geom_point(aes(color=Group), size=10) +
        scale_color_manual(values=ifelse(rep(Ture_or_not, 3),
                          c("yellow","red","black"),
                          c("black","black","black"))
    )

    return(p)
}

FF(TRUE)

Идея здесь заключается в том, что ifelse нужен логический вектор одинаковой длины, чтобы решить, какое из трех векторных значений будет выбрано для каждой записи в этих векторах. Ваша текущая версия передает скалярное логическое значение, которое в результате просто возвращает одну запись (фактически первую) из любого из трех векторов цветов.

Согласен с комментарием @Lefkios Paikousis. Поскольку у вас есть скалярный вход, используйте скалярную функцию if/else вместо ifelse.

library(ggplot2)

FF<-function(True_or_not){
  ggplot(test,aes(x=F1,y=F2) )+
    geom_point(aes(color=Group),size=10)+
    scale_color_manual(values = if (True_or_not) c("yellow","red","black") 
                                else c("black","black","black"))
}

FF(TRUE)