Имя столбца индексации в R

У меня есть фрейм данных, как показано ниже,

    > df
  A B C D E
1 1 2 3 4 5
2 4 5 6 7 7
3 7 8 9 8 9

где строки - это гены, а столбец - идентификаторы образцов, я хочу проиндексировать образцы нормальных / больных. Нормальные образцы - это A, B, а образцы болезней - D и E (например). У меня есть фенотипический файл следующего содержания

> Pheno
      sample status
    1 A         Normal
    2 B         Normal
    3 C         Unknown
    4 D         Diseased
    5 E         Diseased

Теперь мой вопрос: как индексировать образцы в 'df', скажем, например, == 0 для нормальных и == 1 для больных в R на основе классификации файлов Pheno. (Индексирование образцов в Normal и Diseased из файла необработанных подсчетов RNAseq с 758 образцами в виде столбцов и 556789 генов в виде строк) Надеюсь, что все понятно, было бы здорово, если бы вы могли мне в этом помочь. Большое спасибо за вашу помощь

С уважением,

Хорошего дня,

Дэйв.

Можете ли вы предоставить ожидаемый результат с учетом вашего примера ввода?

digEmAll 01.05.2018 12:41

Большое спасибо за ваш ответ, я хотел применить функцию voom из пакета limma для нормализации данных. поэтому я хочу сгруппировать данные в два состояния, такие как «Нормальный» и «болезнь» в файле (df). для создания матрицы дизайна. (Как тестовые и тренировочные группы)

David 01.05.2018 12:48

@David, вы можете отредактировать свой пост и написать ожидаемый результат. Хотели бы вы, например, заменить содержимое df на 0 или 1 в зависимости от того, нормальные они или больные?

hpesoj626 01.05.2018 12:51

Ожидаемый результат - сгруппировать данные в два набора и нормализовать их с помощью пакета под названием limma. здесь я не должен изменять какое-либо содержимое df.

David 01.05.2018 12:54
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
4
147
0

Другие вопросы по теме