Использование pandas для извлечения всех уникальных значений во всех столбцах в файле excel

Используйте понимание словаря для создания нового уникального кадра, а затем создайте новый файл. Словари можно легко использовать для создания DataFrame, если массивы имеют одинаковую длину. Чтобы убедиться, что массивы имеют одинаковую длину при использовании unique, мы просто преобразуем массивы в pd.Series

У вас нет ожидаемого результата, поэтому я предполагаю, что вам просто нужны все уникальные значения в одном файле с nans для отсутствующих значений.

pd.DataFrame({col: pd.Series(df[col].unique()) 
              for col in df.columns}).to_excel('some_file_name.xlsx', index=False)

Вот рабочий пример

# sample df
import pandas as pd
df = pd.DataFrame([[1,2,3,1,2],
                   list('abccd'),
                   [1]*5]).T

   0  1  2
0  1  a  1
1  2  b  1
2  3  c  1
3  1  c  1
4  2  d  1

выход

pd.DataFrame({col: pd.Series(df[col].unique()) 
              for col in df.columns})

     0  1    2
0    1  a    1
1    2  b  NaN
2    3  c  NaN
3  NaN  d  NaN