Использование R для получения реферата Pubmed по его заголовку
Некоторое время я пытался получить рефераты Pubmed, используя его название. Например, если я помещу следующий заголовок в маску pubmPd @https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/:
Изоформа MEG3, полученная из гипофиза, действует как супрессор роста в опухолевых клетках
Я получаю страницу, показывающую следующую аннотацию:
Абстрактный Аденомы гипофиза человека являются наиболее распространенными внутричерепными новообразованиями. Соматическая мутация, обычно моноклональная по происхождению, является необходимым условием развития опухоли. Чтобы определить основные патогенетические механизмы образования опухоли, мы сравнили разницу в экспрессии генов между нормальной тканью гипофиза человека и клинически нефункционирующими аденомами гипофиза с помощью анализа различий, представляющих кДНК. Мы клонировали кДНК, экспрессия которой отсутствовала в этих опухолях, которая представляет собой новый транскрипт из ранее описанного MEG3, материнского гена импринтинга с неизвестной функцией. Он экспрессировался в нормальных гонадотрофах человека, из которых происходят клинически нефункционирующие аденомы гипофиза. Дополнительное исследование с помощью Нозерн-блоттинга и ОТ-ПЦР показало, что этот ген также не экспрессируется в функционирующих опухолях гипофиза, а также во многих линиях раковых клеток человека. Более того, эктопическая экспрессия этого гена ингибирует рост раковых клеток человека, включая HeLa, MCF-7 и H4. Геномный анализ показал, что MEG3 расположен на хромосоме 14q32.3, месте, которое, как было предсказано, содержит ген-супрессор опухоли, участвующий в патогенезе менингиом. В совокупности наши данные позволяют предположить, что MEG3 может представлять собой новый супрессор роста, который может играть важную роль в развитии аденомы гипофиза человека.
Есть ли в пакетах R какая-либо команда, которая могла бы сделать то же самое? Я играл с некоторыми инструментами, такими как «easyPubmed», «Rentrez» и т. д., но меня немного пугала их сложность. Заранее спасибо.
Ответы 2
Мы можем использовать rvest, чтобы получить аннотацию, отправив форму.
library(rvest)
library(dplyr)
# URL
url = 'https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/'
ncbi <- html_session(url)
# Grab the Form
search <- ncbi %>% html_node("form") %>% html_form()
#fill the form
search <- search %>%
html_form_set("term" = "A Pituitary-Derived MEG3 Isoform Functions as a Growth Suppressor in Tumor Cells")
# submit the form and save as a new session
session <- submit_form(ncbi, search)
# get abstract
abstract <- session %>% html_nodes('.abstract-content') %>% html_text()
Я думаю, что пакет easyPubMed относительно прост в использовании, как следует из названия. Вот полный пример.
Вы можете создать символьное значение запроса, в этом случае просто используйте тот же заголовок, что и в посте.
Вы можете выполнить запрос PubMed, используя get_pubmed_ids, и получить записи, используя fetch_pubmed_data.
Затем, используя table_articles_byAuth, вы можете поместить свои результаты в data.frame. Установив included_authors значение «первый», вы будете получать информацию только о первых авторах записей. Также с помощью max_chars вы можете установить ограничение на количество символов, включенных в аннотацию.
library(easyPubMed)
my_query <- paste(
'A Pituitary-Derived MEG3 Isoform Functions as a Growth Suppressor in Tumor Cells',
'[ti]'
)
my_pubmed_ids <- get_pubmed_ids(my_query)
my_data <- fetch_pubmed_data(my_pubmed_ids, encoding = "ASCII")
df <- table_articles_byAuth(my_data,
included_authors = "first",
max_chars = 2000,
encoding = "ASCII")
Результирующие столбцы вашего data.frame будут следующими:
names(df)
[1] "pmid" "doi" "title" "abstract" "year" "month" "day" "jabbrv" "journal" "keywords"
[11] "lastname" "firstname" "address" "email"
Если вы хотите увидеть все свои тезисы, они будут в столбце abstract вашего data.frame:
df$abstract
[1] "Human pituitary adenomas are the most common intracranial neoplasm...
Он работает и извлекает также другую потенциально полезную информацию. Спасибо!
Также это решение работает. Ценится.