Используйте read.csv, но оставьте кавычки

Одним из способов будет замена разделителей.

Мы можем изменить разделитель на что-то другое, и использование fread работает.

data.table::fread(gsub(',(?![^\\(]*\\))', ';', text, perl = TRUE), quote = '')

#   id                         value other
#1:  1 "("a" = "b", "b" = "c", "c" = "d")"     2
#2:  2 "("a" = "b", "b" = "c", "c" = "d")"     3

регулярное выражение для gsub было взято из здесь, чтобы заменить те запятые, которые не встречаются между ().

данные

text = 'id, value, other
 1, "("a" = "b", "b" = "c", "c" = "d")", 2
 2, "("a" = "b", "b" = "c", "c" = "d")", 3'

может это поможет:

library(readr)

# simulating your data
id <- c(1,2)
value <- c('"("a" = "b", "b" = "c", "c" = "d")"', '"("a" = "b", "b" = "c", "c" = "d")"')
other <- c(2,3)

# creating a dataframe 
df <- data.frame(id, value, other)

# creating a csv file
write.csv(df,"mydata.csv", row.names = FALSE)

# Import csv dataset
mydata <- read_csv("mydata.csv")

# View data
View(mydata)