Изменить цвет точек дрожания в соответствии с facet_wrap

Сопоставьте цвет с именем столбца. Если вы хотите, чтобы цвет интерпретировался буквально, используйте шкалу идентичности:

ggplot(df, aes(site, number))+
  facet_wrap(colour)+
  geom_jitter(aes(colour = colour), alpha = 0.3) +
  geom_boxplot(alpha = 0, colour = "black") +
  scale_color_identity() +
  theme(legend.position = "none")

ggplot(df, aes(site, number))+
  facet_wrap(~colour)+
  geom_jitter(aes(col = colour), alpha = 0.3, show.legend = F) +
  geom_boxplot(alpha = 0, colour = "black")+
  scale_color_manual(values = c("green", "red"))

Хотя оба ответа здесь решают вашу проблему, я думаю, что они излишне запутаны.

ggplot(df, aes(site, number)) +
  facet_wrap(~colour) +
  geom_jitter(alpha = 0.3, color = colour) +
  geom_boxplot(alpha = 0, color = "black")

^{Created on 2019-05-30 by the reprex package (v0.3.0)}

• Вам не нужно theme(legend.position = "none"), так как внутри вашего geoms у вас нет никаких аргументов внутри aes().

• В одном из ответов, хотя мы устанавливаем позицию легенды в none (там она нужна, так как colour находится внутри aesthetics), у нас также есть show.legend = F, что избыточно.

• Ваши столбцы colour уже c("red", "green"), поэтому нам не нужно использовать scale_color.