Извлечение N чисел в новый столбец в Python

Вы можете использовать numpy.where с Series.str.len, чтобы проверить length каждого значения:

In [869]: df
Out[869]: 
           ID
0  5487123500
1     6287467
2  5487123240
3     6366584
4  5487123260

In [872]: import numpy as np

In [873]: df['new ID'] = np.where(df['ID'].str.len().eq(10), df['ID'].str[-3:], df['ID'])

In [874]: df
Out[874]: 
           ID   new ID
0  5487123500      500
1     6287467  6287467
2  5487123240      240
3     6366584  6366584
4  5487123260      260

Обновлено: Если ваш столбец IDint, сделайте следующее:

In [881]: df['ID'] = df['ID'].astype(str)
In [873]: df['new ID'] = np.where(df.ID.str.len().eq(10), df.ID.str[-3:], df.ID)

Вы можете попробовать это -

DF['ID']= ['5487123500', '6287467', '5487123240', '6366584', '5487123260' ]

def filter_id(inp):
    res = list()
    for val in inp:
        if len(val) >= 10:
           return val[-3:]
        else:
           return val

DF['NEW_ID']= DF[['ID']].apply(filter_id,axis=1)

Однолинейное решение

df['NEW_ID']  =  df['ID'].apply(lambda x : x[-3:] if len(x)==10 else x)