Извлечение соответствующей переменной в summ()

Мы группируем по «gene_name», оставляем только группы, в которых количество различных (n_distinct элементов в «motif_id» больше 1. получаем попарные combn-ации «уникальных» элементов, создаем «последовательность», извлекая «matched_sequence» который соответствует значениям «motif_id», получить lengths из list в «вхождении», использовать unnest_wider для создания столбцов из столбца list и преобразовать «последовательность» list в столбец character, paste объединяя элементы в list

library(dplyr)
library(purrr)
library(tidyr)
library(stringr)
data %>%
   dplyr::group_by(gene_name) %>%  
   dplyr::filter(n() > 1, n_distinct(motif_id) > 1) %>% 
   dplyr::summarise(Node =  combn(unique(motif_id), 2, 
       simplify = FALSE),
    sequence = purrr::map(Node, ~ 
        matched_sequence[motif_id  %in% .x]),
     occurence = lengths(sequence), .groups = 'drop') %>%
   tidyr::unnest_wider(Node) %>%
   dplyr::mutate(sequence = purrr::map_chr(sequence, toString)) %>%
   dplyr::rename_with(~ stringr::str_c("Node", seq_along(.x)), starts_with("..."))

-выход

# A tibble: 4 × 5
  gene_name Node1 Node2 sequence       occurence
  <chr>     <chr> <chr> <chr>              <int>
1 A         y1    y2    CCC, CCAAA             2
2 A         y1    y3    CCC, AAG, AT           3
3 A         y2    y3    CCAAA, AAG, AT         3
4 B         y1    y4    AAAA, AAT              2

данные

data <- structure(list(gene_name = c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "C"
), motif_id = c("y1", "y2", "y3", "y3", "y1", "y4", "y5"), 
matched_sequence = c("CCC", 
"CCAAA", "AAG", "AT", "AAAA", "AAT", "AAGG")), 
class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-7L))