Как читать строку и отдельно хранить каждый элемент в разных массивах в Python

with open('names_scores.list') as f:
    lines = f.readlines() # returns a list of lines, ["1 John 95\n", "2 Mark 88\n", "3 Jessica 75\n", "4 Marry98\n"]
    lines = [line.rstrip('\n').split(' ') for line in lines] # remove the trailing \n and split the string up using the spaces
    print lines #[[1, John, 95], [2, Mark, 85], [3, Jessica, 75] [4, Marry, 98]]

with open("name_scores.list") as f:
    for line in f:
        parts = line.rstrip().split()
        print(parts)                     # A 3-element list

или

with open("name_scores.list") as f:
    lines = [line.rstrip().split() for line in f]

print(lines)    # A list of 3-element lists

Если у вас есть дополнительные пробелы, которые вы не хотите использовать в качестве разделителей (например, у вас есть и имя, и фамилия), вам просто нужно настроить, как вы использовали список parts (или эквивалентный).