Как добавить скорректированное значение к корреляционному анализу?

Я хочу добавить adj.pval в корреляционную матрицу, созданную с помощью Pearson. Ниже приведены мои коды для создания парной матрицы.

from pandas import *
import numpy as np
import pandas as pd
from scipy.stats.stats import pearsonr
import itertools

# Generate sample data
data = np.random.rand(10, 6)

# Create a DataFrame with row names and column names
genes = ['Gene{}'.format(i+1) for i in range(6)]
samples = ['Sample{}'.format(i+1) for i in range(10)]

df = pd.DataFrame(data, index=samples, columns=genes)

correlations = {}
#store the gene names
columns = df.columns.tolist()

#perform pearson correlation
for col_a, col_b in itertools.combinations(columns, 2):
    correlations[col_a +':' + col_b] = pearsonr(df.loc[:, col_a], df.loc[:, col_b])

#Convert the dictionary into dataframe
result = DataFrame.from_dict(correlations, orient='index')
result.columns = ['PCC', 'p-value']
#Convert index as a column
result.reset_index(level=0, inplace=True)
#rename the converted column
result.rename(columns = {'index':'Genes'}, inplace = True)
#split the column as two columns
result[['Gene-1','Gene-2']] = result.Genes.str.split(":", expand=True)
#select the required variables
result = result[['Gene-1', 'Gene-2', 'PCC', 'p-value']]

Он дал мне парную матрицу с pvalue. Я тоже хочу добавить adj.pval? Как мне добавить его?

Я не уверен насчет отрицательных голосов, но вы могли бы уточнить adj.pval. Вероятно, это означает «р-значения, скорректированные для множественных сравнений», но это не является явным, и существует множество возможных корректировок такого рода — Бонферрони, Беньямини-Хохберга, Беньямини-Йекутиэли и т. д., или что-то совсем другое? Также рассмотрите возможность замены таблицы скриншотов текстом.

Matt Haberland 19.02.2024 10:25
Почему в Python есть оператор "pass"?
Почему в Python есть оператор "pass"?
Оператор pass в Python - это простая концепция, которую могут быстро освоить даже новички без опыта программирования.
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Python - самый известный и самый простой в изучении язык в наши дни. Имея широкий спектр применения в области машинного обучения, Data Science,...
Основы Python Часть I
Основы Python Часть I
Вы когда-нибудь задумывались, почему в программах на Python вы видите приведенный ниже код?
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
Алиса и Боб имеют неориентированный граф из n узлов и трех типов ребер:
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
И последнее, что мы хотели бы показать вам, прежде чем двигаться дальше, это
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Как веб-разработчик, Python может стать мощным инструментом для создания эффективных и масштабируемых веб-приложений.
2
1
102
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Вы можете использовать multitest для расчета скорректированного значения p.

from statsmodels.stats import multitest
# Calculate adjusted p-values
reject, adj_pvals, _, _ = multitest.multipletests(result['p-value'], method='bonferroni')

# Add adjusted p-value to the DataFrame
result['adj.pval'] = adj_pvals

Другие вопросы по теме