Как импортировать пакеты conda в google colab?

Мне удалось установить пакеты в google colab с помощью pip, используя:

!pip install....

но я не могу установить какой-либо пакет из conda-forge. Я пытался:

!conda install -c conda-forge cartopy

Если вы хотите установить только cartopy, используйте !apt-get -qq install python-cartopy python3-cartopy.

swatchai 16.11.2018 16:15
6
1
6 746
4

Ответы 4

Один из способов получить его - просто разархивировать пакет conda напрямую в каталог.

  1. Получите необходимый пакет conda с anaconda.org, загрузите его.

  2. Распакуйте их и скопируйте в путь к библиотеке

Вот пример установки faiss из анаконды таким способом. https://gist.github.com/korakot/d0a49d7280bd3fb856ae6517bfe8da7a

Другой вариант (который я не пробовал) - подключиться к настраиваемой среде выполнения (ядро на языке Jupyter). https://research.google.com/colaboratory/local-runtimes.html

Рабочий процесс будет следующим:

Это может быть не то, что вы ищете, поскольку для этого требуется локальная установка (и, следовательно, больше не требуется установка с нуля).

Использую метод распаковки с картопией. Вот результат.

# get package then extract
!wget https://anaconda.org/conda-forge/cartopy/0.16.0/download/linux-64/cartopy-0.16.0-py36h81b52dc_2.tar.bz2
!tar xvjf cartopy-0.16.0-py36h81b52dc_2.tar.bz2
!cp -r lib/python3.6/site-packages/* /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/
# install dependencies
!pip install shapely pyshp
!apt install libproj-dev libgeos-dev
# finally
import cartopy

В общем, это способ установки пакета в conda от Colab:

!wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
!bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -bfp /usr/local
# Append path to be able to run packages installed with conda
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages')
# Install packages from Anaconda
!conda install -y [package]

Это работает для таких пакетов, как -c pslmodels taxcalc (ноутбук).

Однако cartopy - сложный пакет, который создает здесь проблемы, я думаю, потому что вышеупомянутое требует более старую версию conda *, которая больше не совместима с cartopy. Вот Блокнот Colab, который использует эту версию и не работает, потому что cartopy требует пакета shapefile, и это один, который использует последнюю версию conda и не распознается на import.

* Например, вот версии ноутбука taxcalc, которые установить последнюю версию установщика и запустить conda update conda перед установкой taxcalc; import taxcalc не распознается ни в том, ни в другом случае. См. эта проблема GitHub.

Другие вопросы по теме