Как использовать getline() с несколькими переменными в одной строке?

Я настоятельно рекомендую вам использовать вектор структур (или классов), а не несколько параллельных массивов.

struct Mutation_Code_Cost
{
    Mutation_Code_Type MutCode;
    Mutation_Cost_Type MutCost;
};

struct Gene
{
    Gene_Code_Type geneCode;
    Mutation_Code_Cost mutation_info[2];
};

Затем вы можете перегрузить operator>> для чтения структур из текстового потока:

struct Mutation_Code_Cost
{
    Mutation_Code_Type MutCode;
    Mutation_Cost_Type MutCost;
    friend std::istream& operator>>(std::istream& input, Mutation_Code_Cost& mcc);
};

std::istream& operator>>(std::istream& input, Mutation_Code_Cost& mcc)
{
  input >> mcc.MutCode;
  input >> mcc.MutCost;
  return input;
}

struct Gene
{
    Gene_Code_Type geneCode;
    Mutation_Code_Cost mutation_info[2];
    friend std::istream& operator>>(std::istream& input, Gene& g);
};

std::istream& operator>>(std::istream& input, Gene& g)
{
    input >> g.geneCode;
    input >> g.mutation_info[0];
    input >> g.mutation_info[1];
    return input;
}

Вы можете прочитать из файла так:

std::vector<Gene> database;
Gene g;
std::string record;
while (std::getline(input_file, record))
{
    std::istringstream record_stream(record);
    if (record >> g)
    {
        database.push_back(g);
    }
}