Как использовать регулярное выражение, чтобы не сопоставлять HTML-теги, внутри которых есть определенные теги?

Вы должны сделать это с помощью XPath:

// Our HTML source
var s = `<a href = "tel:something">something1</a>
<a href = "tel:[some_numbers]"><span class = "hello">Hello1</span>[some_numbers]</a>
<a href = "tel:something">something2</a>
<a href = "tel:[some_numbers]"><span class = "hello">Hello2</span>[some_numbers]</a>
<a href = "tel:something">something3</a>
<a href = "tel:[some_numbers]"><span class = "hello">Hello3</span>[some_numbers]</a>`;

// Create a root div because XML requires a single root element
var div = document.createElement('div');

// Set the innerHTML to our string
div.innerHTML = s;

// Find <a> tags with no direct child <span> tag(s)
var iterator = document.evaluate('//a[not(span)]', div, null, XPathResult.ANY_TYPE, null);

// Set the iterator
var thisNode = iterator.iterateNext();

// Loop the iterator and log the node found
while (thisNode) {
  
  console.info(thisNode);
  
  thisNode = iterator.iterateNext();
}

https://jsfiddle.net/kad3ouqL/

Это должно дать:

<a href = "tel:something">something1</a>
<a href = "tel:something">something2</a>
<a href = "tel:something">something3</a>