Как использовать специальные символы, например. ¥, ‡ в нижнем колонтитуле файла README.md на GitHub для замены нумерации страниц по умолчанию (1, 2, ...)?

GitHub на самом деле не дает вам большого контроля над тем, как отображаются README или другие документы. Это связано с тем, что выбор знаков препинания для сносок, так же как выбор цвета, шрифта или размера текста, является выбором стиля, а в целях согласованности, безопасности и доступности GitHub не позволяет изменять стиль отображаемых документов. Например, CSS вообще запрещен, а сгенерированный HTML фильтруется для удаления всего потенциально вредоносного.

Если вы хотите, чтобы ваш документ отображался по-другому, вы можете использовать средство визуализации или цепочку инструментов, которые отображают его так, как вы хотите, а затем загружать этот документ где-нибудь в Интернете, в том числе на страницах GitHub, и тогда люди могут просматривать его в желаемый способ.