Как избежать этой ошибки: только 0 могут быть смешаны с отрицательными нижними индексами?

На самом деле это зависит от проблемы, которую вы решаете. Если вы хотите удалить элементы в позициях 1-10, кроме NA, используйте:

pos = c(is.na(x[1:10]), 11:length(x))

y = x[-pos]

Если вы хотите удалить каждый элемент, который принимает то же значение, что и элементы 2:10, используйте:

setdiff(x,g)

Что касается ошибки, я думаю, в вашем случае элементы в x представляют собой смесь положительных и отрицательных значений. Например,

letters[c(-1, -3, 5, 6, 7)] Error: only 0's may mix with negative subscripts

Блестящее описание дано здесь: https://www.stat.berkeley.edu/~nolan/stat133/Fall05/notes/RSubset.html

Вы можете использовать %in%, чтобы проверить, какие значения содержатся в g, и отменить каждый индекс, который содержит значение, содержащееся в вашем определении g:

x[!(x %in% (head(x[!is.na(x)], 13))) | (1:length(x)) > which(cumsum(!is.na(x)) == 13)]

Ваша ошибка возникает из-за того, что вы смешиваете положительные и отрицательные индексы в своем подмножестве x, что не обязательно, потому что вам не нужно работать с индексами, а не создавать логический вектор, который дает вам место для каждого значения, не содержащееся в g.

Обновлено: я добавил второй логический вектор, который гарантирует, что значения после индекса 13-го не-NA значения не могут быть удалены, поскольку они никогда не могут содержаться в g (потому что g является подмножеством первых 13 не-NA-значений из х). Может быть более простое решение, но это должно сделать это.