У меня есть данные двух столбцов, идентификатор гена первого столбца и значение выражения второго столбца.
как ниже
6876 -2.735085846
59 -2.559180326
72 -2.41504926
4638 -1.785835164
я хочу что-то вроде
> str(geneList)
Named num [1:12495] 4.57 4.51 4.42 4.14 3.88 ...
- attr(*, "names")= chr [1:12495] "4312" "8318" "10874" "55143" ...
Но когда я делаю
X = as.character(t(read.table(text = "
6876 -2.735085846
59 -2.559180326
72 -2.41504926
4638 -1.785835164")))
я осознаю
> str(X)
chr [1:1418] "6876" "-2.735085846" "59" "-2.559180326" "72" "-2.41504926" "4638" "-1.785835164" "10398" "-1.588650179" ...
>
Как я могу сделать что-то вроде geneList?
Просто используйте setNames
после чтения данных с помощью read.table
.
X <- read.table(text = "
6876 -2.735085846
59 -2.559180326
72 -2.41504926
4638 -1.785835164
")
geneList <- setNames(X[[2]], X[[1]])
# 6876 59 72 4638
#-2.735086 -2.559180 -2.415049 -1.785835
И чтобы соответствовать ожидаемому результату:
str(geneList)
# Named num [1:4] -2.74 -2.56 -2.42 -1.79
# - attr(*, "names")= chr [1:4] "6876" "59" "72" "4638"