Как объединить списки в командной строке (jq)?

Считайте оба файла в массив, используйте transpose для объединения по их индексу и выполните операцию над полученным массивом, то есть add подмассивами.

jq -nc --slurpfile f1 file1.json --slurpfile f2 file2.json \
  '[$f1, $f2] | transpose[] | add'

Альтернативно, считайте их в один массив и разделите этот массив пополам, чтобы получить два подмассива:

jq -sc '[.[:length/2], .[length/2:]] | transpose[] | add' file1.json file2.json

Выход:

[0,1,2,3,4,5]
["a","b","c","d","e","f"]