Как обеспечить, чтобы все реализации интерфейса имели определенные ограничения?

Но я не могу использовать IMyInterface в качестве универсального типа для MyField, поскольку не предполагается, что он будет неуправляемым.

IMyInterface<T> не только «не обещает быть неуправляемым», он гарантированно управляем благодаря боксу. Когда вы работаете со структурами через интерфейс, они упаковываются в коробку. Отсюда следующее:

var x = new A<int>();
DoSomethingWithI(x);

void DoSomethingWithI(IMyInterface<int> p) => Console.WriteLine(p);

Результат: IL:

IL_0000: ldloca.s 0
IL_0002: initobj valuetype A`1<int32>
IL_0008: ldloc.0
IL_0009: box valuetype A`1<int32>
IL_000e: call void Program::'<<Main>$>g__DoSomethingWithI|0_0'(class IMyInterface`1<int32>)
IL_0013: ret

Один из способов обойти проблему — использовать два общих параметра:

public struct Main<T, TVal> 
    where T : unmanaged, IMyInterface<TVal> 
    where TVal : unmanaged
{
    MyField<T> value;
    // ...
}

Хотя использование становится немного неуклюжим:

var foo = new Main<A<int>, int>();