Как оптимизировать положение заголовков и представления данных по оси Y?

Попробуйте matplot, умножьте столбец мощности на 10.

clr <- c('blue', 'red', 'darkgreen')
par(mar=c(4, 4.5, 2, 4.5))
matplot(t(t(d[-1])*c(1, 1, 10)), type='l', axes=FALSE, ann=FALSE, lty=1, col=clr)
box()
axis(1); axis(2, las=1); axis(4, axTicks(2), labels=axTicks(2)/10, col.axis=clr[3], col=clr[3], las=1)
mtext('Time [sec]', 1, 2.5); mtext('Volume', 2, 3); mtext('Power', 4, 3, col=clr[3])
legend('topleft', lty=1, col=clr, leg=c('VO2', 'VCO2', 'Power'), bty='n')

Вы сказали, что ищете три вещи:

• названия осей горизонтальные, над каждой осью
• уменьшить отступы (сохраняя пространство между осями Y)
• добавлять баллы на основе критериев

Названия осей как аннотации

Чтобы добавить заголовки осей сверху, необходимо выполнить три основных шага:

• удалить заголовки из текущего макета и добавить shift к оси «y2»
• создавать аннотации
• вызовите обновленную версиюplotly.js(зависимость, которая работает в фоновом режиме)

Новый пример макета с удалением заголовков (полный код будет предоставлен чуть позже, это лишь небольшая часть, чтобы показать вам, что происходит.

yaxis = list(
      # title = list(text = 'VO2', standoff = 20),  # remove title
      title = '',                                   
      showline = TRUE, 

Что касается сдвига, я немного угадал и проверил, поскольку график хотел перекрыть оси, когда я удалил отступы, я переместился y2 влево от y1 оси. Это если shift в yaxis2 = ... установлено на 70.

Остальные аспекты макета остаются такими, какими вы их закодировали в своем вопросе.

Когда я создавал аннотации, я использовал позиции x, например, сдвиг, немного догадок и проверку визуальной эстетики. Я использовал цвета для заголовков, которые вы им назначили. Наконец, я установил размер шрифта 14. Это размер заголовка оси по умолчанию.

Большая часть контента, необходимого для создания аннотации, здесь идентична, поэтому я использовал lapply для построения списка.

Это код, используемый для создания аннотаций:

xs <- c(-.095, -.2, 1.095)          # x-axis positions
clr <- c("blue", "red", "green")    # title colors
anno <- lapply(1:3, \(k) {          # build new axis titles as annotations
  if (names(d)[k + 1] != toupper(names(d)[k + 1])) {         # take titles from dataframe
    tlt = paste0(toupper(substring(names(d)[k + 1], 1, 1)), # capitalize if necessary
                 substring(names(d)[k + 1], 2, 1000))
  } else {
    tlt = names(d)[k + 1] 
  }           # using paper space, on top of y axes, at variable x positions
  list(xref = "paper", yref = "paper", x = xs[k], y = 1.1, showarrow = F,
       font = list(color = clr[k], size = 14), text = tlt)
})

Содержимое anno теперь можно назначить annotations в сюжете layout.

Наконец, shift не будет работать без обновления серверной части Plotly.js. Чтобы обновить эту зависимость, я использовал следующую функцию.

fixer <- function(plt) {
  # changes to dependency so that all code works
  plt$dependencies[[5]]$src$file = NULL
  plt$dependencies[[5]]$src$href = "https://cdn.plot.ly"
  plt$dependencies[[5]]$script = "plotly-2.33.0.min.js"
  plt$dependencies[[5]]$local = FALSE
  plt$dependencies[[5]]$package = NULL
  plt
}

Уменьшить отступы

Теперь, когда сдвиг работает, все, что вам нужно сделать, чтобы уменьшить отступы, — это уменьшить число, которое вы вызвали в layout(margin = list.

Добавляйте маркеры для данных на основе критериев

Я не совсем уверен, что вы здесь хотите, но я интерпретировал это как маркеры для всех точек, в которых d$power == 0. При этом при шестистах наблюдениях, даже когда точки огромны, это просто пятно, которое выглядит как толстая линия, пока вы не увеличите масштаб. Я предполагаю, что это просто данные для этого вопроса, а не данные, которые вы на самом деле используется, так что, возможно, эта информация будет более полезной в том контексте, в котором вы ее используете.

Чтобы добавить маркеры, вы можете добавить еще одну трассировку. Для этой трассировки необходимо определить, что она не использует те же данные, что и другие трассировки.

Вот код трассировки маркеров, который я использовал:

add_markers(inherit = F, data = d %>% filter(power == 0), # criteria for markers
            x = ~time, y = ~power, yaxis = "y3", 
            marker = list(color = "green", size = 10), name = "")

Вот как выглядит график с этими изменениями (обратите внимание на пятно нулевой строки power).

Вот весь код, использованный для объединения этого процесса (ваш и мой).

library(plotly)

# Sample data
d <- data.frame(
  time = seq(1, 600, by = 1),
  VO2 = c(rnorm(120, 250, 10), rnorm(120, 300, 15), seq(300, 2000, length.out = 240), rnorm(120, 300, 15)),
  VCO2 = c(rnorm(120, 200, 10), rnorm(120, 250, 15), seq(250, 1800, length.out = 240), rnorm(120, 250, 15)),
  power = c(rep(0, 120), rep(0, 120), seq(0, 160, length.out = 240), rep(0, 120))
)


fixer <- function(plt) { 
                    # changes to dependency so that all code works
  plt$dependencies[[5]]$src$file = NULL
  plt$dependencies[[5]]$src$href = "https://cdn.plot.ly"
  plt$dependencies[[5]]$script = "plotly-2.33.0.min.js"
  plt$dependencies[[5]]$local = FALSE
  plt$dependencies[[5]]$package = NULL
  plt
}

# Create the plot
fig <- plot_ly(data = d) %>% 
  add_lines(x = ~time, y = ~VO2, 
            line = list(color = 'blue'), name = "VO2") %>% 
  add_lines(x = ~time, y = ~VCO2, yaxis = "y2", 
            line = list(color = 'red'), name = "VCO2") %>%
  add_lines(x = ~time, y = ~power, yaxis = "y3", 
            line = list(color = 'green'), name = "Power") %>%
  add_markers(inherit = F, data = d %>% filter(power == 0), # criteria for markers
              x = ~time, y = ~power, yaxis = "y3", 
              marker = list(color = "green", size = 10), name = "") %>% 
  layout(
    xaxis = list(
      title = list(text = 'Time [sec]', standoff = 10), domain = c(0, 1),
      color = 'black', 
      showline = TRUE, 
      tickcolor = 'black', 
      tickwidth = 2, 
      linewidth = 2,
      ticks = "outside", zeroline = F
    ),
    yaxis = list(
      # title = list(text = 'VO2', standoff = 20),
      title = '',
      showline = TRUE, 
      side = "left", 
      color = 'blue', 
      tickcolor = 'blue', 
      tickwidth = 2, 
      linewidth = 2,
      ticks = "outside",
      range = c(0, max(c(d$VO2, d$VCO2)))
    ),
    yaxis2 = list(
      # title = list(text = 'VCO2', standoff = 20), 
      showline = TRUE, 
      overlaying = "y",
      anchor = "free", 
      side = "left", 
      color = 'red', 
      tickcolor = 'red', 
      tickwidth = 2, 
      linewidth = 2,
      ticks = "outside",
      shift = -70,
      # position = -0.1,
      range = c(0, max(c(d$VO2, d$VCO2)))
    ),
    yaxis3 = list(
      # title = list(text = 'Power', standoff = 20), 
      showline = TRUE, 
      overlaying = "y", 
      side = "right", 
      color = 'green', 
      tickcolor = 'green', 
      tickwidth = 2, 
      linewidth = 2,
      ticks = "outside",
      range = c(0, max(d$power) * 1.25)
    ),
    showlegend = FALSE, # Removes legend
    # margin = list(pad = 50, b = 0, l = 100, r = 100)
    margin = list(pad = 20, b = 0, l = 150, r = 100, t = 50)
  ) 

xs <- c(-.095, -.2, 1.095)          # x-axis positions
clr <- c("blue", "red", "green")    # title colors
anno <- lapply(1:3, \(k) {          # build new axis titles as annotations
  if (names(d)[k + 1] != toupper(names(d)[k + 1])) {         # take titles from dataframe
    tlt = paste0(toupper(substring(names(d)[k + 1], 1, 1)), # capitalize if necessary
                 substring(names(d)[k + 1], 2, 1000))
  } else {
    tlt = names(d)[k + 1] 
  }           # using paper space, on top of y axes, at variable x positions
  list(xref = "paper", yref = "paper", x = xs[k], y = 1.1, showarrow = F,
       font = list(color = clr[k], size = 14), text = tlt)
})

fig %>% layout(annotations = anno) %>% fixer()        # create the plot!