Как отобразить группу данных в виде точек, а другую в виде эллипса уверенности? Проблемы с ggplot и ggsave

Я новичок в R и пытаюсь создать точечные диаграммы с двумя переменными, при этом значения каждой переменной сгруппированы в 4 класса.

В частности, я пытаюсь добиться следующего:

1. Отображение двух групп в виде точек данных, двух групп в виде эллипсов достоверности
2. Создайте и сохраните точечные диаграммы, имеющие одинаковые размеры с точки зрения размера рамки графика и площади графика (т. Е. Длина оси x 8 см, длина оси y 6 см.).

Ниже вы можете найти воспроизводимую версию (вам просто нужно определить вывод для файла png) кода, который работает, но показывает точки данных и эллипсы достоверности для всех данных:

library(ggplot2)

out_path = YOUR OUTPUT DIRECTORY

#data frame
gr1 <- (rep(paste('B-12-B-002'), 10))
gr2 <- (rep(paste('B-12-M-03'), 10))
gr3 <-  (rep(paste('b-b-d-3'), 10))
gr4 <-  (rep(paste('h-12-b-01'), 10))

Run_type <- c(gr1,gr2,gr3,gr4)

axial_ratio <- runif (40,0,1) 
Solidity <- runif (40,0,1)
Convexity <- runif (40,0,1)

sel_data_all <- data.frame(Run_type,axial_ratio,Solidity,Convexity)
fill_colors <- c('red','blue','green','orange');

#Plot

one_plot = ggplot(sel_data_all,aes(x = axial_ratio,y = Solidity))+         
  geom_point(aes(x = axial_ratio,y = Solidity, fill = Run_type, shape = Run_type), color = "black", stroke = 1, 
             size = 5, alpha = 0.4)+
  stat_ellipse(data = sel_data_all, aes(x = axial_ratio, y = Solidity, fill = Run_type,colour=Run_type),geom = "polygon",alpha = 0.4,type = "norm",level = 0.6, 
               show.legend = FALSE) +  #, group=Run_type , data = subset(sel_data_all, Run_type %in% leg_keys_man[1:7]),
  scale_shape_manual(values=c(21,21,23,23))+ 
  scale_fill_manual(values = fill_colors)+
  scale_color_manual(values = fill_colors)+
  coord_fixed(ratio = 1)+
  theme(legend.position = "top", # write 'none' to hide the legend
        legend.key = element_rect(fill = "white"), # Set background of the points in the legend
        legend.title = element_blank(), # Remove legend title
        
        panel.background=element_rect(fill = "white", colour = "black"),
        panel.grid.major=element_line(colour = "lightgrey"),
        panel.grid.minor=element_line(colour = "lightgrey"),
        axis.title.x = element_text(margin = margin(t = 10), size = 12,face = "bold"), # margin = margin(t = 10) vjust = 0
        axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 12,face = "bold"), # margin = margin(r = 10) vjust = 2
        axis.text = element_text(color = "black", size = 10), # To hide the text from a specific axis do: axis.text.y = element_blank()
        axis.ticks.length=unit(-0.15, "cm"), # To hide the ticks from a specific axis do: axis.ticks.y = element_blank()
        #plot.margin = margin(t = 0, r = 1, b = 0.5, l = 0.5, unit = "cm"), # define margine of the plot frame t = top, r = right, b = bottom,  l = left
  )
  #expand_limits(x = 0, y = 0)+ #Force the origin of the plot to 0
  #xlim(c(0,1))+
  #ylim(c(0,1)) # or xlim, limit the axis to the values defined

show(one_plot)

# Save plots 
ggsave(
  filename=paste("Axial_ratio","_vs_","Solidity",".png",sep = ""),
  plot = one_plot,
  device = "png",
  path = out_path,
  scale = 1,
  width = 8, # Refers to the plot frame, not the area
  height = 6, # Refers to the plot frame, not the area
  units = "cm",
  dpi = 300,
  limitsize = FALSE,
  bg = "white")

К сожалению, после нескольких дней попыток и чтения документации R и форумов я не могу этого добиться.

Для первой задачи я попытался разделить данные, изменив функции geom_point и stat_ellipse,

  geom_point(data = subset(sel_data_all, Run_type %in% c('B-12-B-002','B-12-M-03')),aes(x = axial_ratio,y = Solidity, fill = Run_type, shape = Run_type), color = "black", stroke = 1, 
             size = 5, alpha = 0.4)+ #
  stat_ellipse(data = subset(sel_data_all, Run_type %in% c('b-b-d-3','h-12-b-01')), aes(x = axial_ratio, y = Solidity, fill = Run_type,colour=Run_type),geom = "polygon",alpha = 0.4,type = "norm",level = 0.6, 
               show.legend = FALSE) +  #

но я получаю дубликат легенды (в сером цвете).

Вот так.

Для моего второго вопроса, с рабочей версией скрипта в верхней части сообщения,

Вот сюжет, который отображается в окне "Plots" в RStudio:

Но это то, что сохраняется в каталоге вывода.

Последнее замечание о второй проблеме: представленный здесь скрипт фактически вставлен в цикл for, который генерирует несколько точечных диаграмм, созданных уникальными парами двух переменных, а представленный здесь фрейм данных является лишь частичным, чтобы вам было легче помочь. . К сожалению, это то, что генерирует ggsave:

отношение осей против выпуклости

ves_pct против осевого соотношения

Кто-нибудь может помочь?

Заранее спасибо всем!

Обновлено:

Итак, благодаря MarBlo (которому большое спасибо) мне удалось получить почти то, что я хочу, но есть еще кое-что, чего я пока не могу понять.

Это последняя версия кода с некоторой адаптацией, чтобы лучше соответствовать рассуждениям:

          library(tidyverse)

          set.seed(123)
          gr1 <- (rep(paste("B-12-B-002"), 10))
          gr2 <- (rep(paste("B-12-M-03"), 10))
          gr3 <- (rep(paste("b-b-d-3"), 10))
          gr4 <- (rep(paste("h-12-b-01"), 10))

          Sample_ID <- c(gr1, gr2, gr3, gr4)

          axial_ratio <- runif (40, 0, 1)
          Solidity <- runif (40, 0, 1)
          Convexity <- runif (40, 0, 1)

          sel_data_all <- data.frame(Sample_ID, axial_ratio, Solidity, Convexity)
          fill_colors <- c("#5bd9ca",
          "#1e99d6","#1e49d6","#f2581b80","#e8811280","#e3311280","#fc000080")

          sel_data_all <- sel_data_all |> add_column(Run_type = c(
            rep("MAG", 10), rep("PMAG", 10),
            rep("MAG", 10), rep("PMAG", 10)),   .before = "Sample_ID")
          
          one_plot = ggplot( 

          data = sel_data_all |> dplyr::filter(Run_type == "PMAG"),
          aes(x = axial_ratio, y = Solidity)
        ) +
        
        # CONFIDENCE ELLIPSE
        stat_ellipse(
          data = sel_data_all |> dplyr::filter(Run_type == "MAG"),
          aes(x = axial_ratio, y = Solidity,
              fill = Sample_ID),
          geom = "polygon", type = "norm", 
          level = 0.6,
          colour = 'white', # ellipse border
        ) +
        
        # DATA POINTS
        geom_point(aes(colour = Sample_ID, 
                       shape = Sample_ID),
                   stroke = 0.5,
                   size = 3,
        ) +
        
        scale_color_manual(values = fill_colors[1:3]) + # of Data points
        scale_shape_manual(values = c(21, 21, 23, 23,21,23,22)) + # of data points
        scale_fill_manual(values = fill_colors[4:7]) + # of ellipses
        coord_cartesian(xlim=c(0,1))+
        #scale_x_continuous(expand = expansion(mult = c(0.001, 0.05)))+           
        coord_cartesian(ylim=c(0,1))+           
        #scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0.001, 0.05)))+
        # Theme
        theme(
          legend.position = "top",
          legend.key.size = unit(5, 'mm'), #change legend key size
          # legend.key.height = unit(1, 'cm'), #change legend key height
          # legend.key.width = unit(1, 'cm'), #change legend key width
          legend.text = element_text(size=8),
          legend.key = element_rect(fill = "white", colour = 'white'),
          legend.background = element_rect(fill = "transparent"),
          legend.title = element_blank(),
          panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "black"),
          panel.grid.major = element_line(colour = "lightgrey"),
          panel.grid.minor = element_line(colour = "lightgrey"),
          axis.title.x = element_text(vjust = -1, size = 12, face = "bold"),
          axis.title.y = element_text(vjust = 4, size = 12, face = "bold"),
          axis.text = element_text(color = "black", size = 10),
          axis.ticks.length = unit(-0.15, "cm"),
          plot.margin = margin(t = 2,  # Top margin
                               r = 4,  # Right margin
                               b = 4,  # Bottom margin
                               l = 4, # Left margin
                               unit = "mm"),
        )+
        guides(colour = guide_legend(nrow=2, byrow=TRUE)+
        coord_fixed(ratio = 1))
              ggsave(
            filename=paste("snap",".png",sep = ""),
            plot = one_plot,
            device = "png",
            path = here::here(),
            width = 8, # Refers to the plot frame, not the area
            height = 8, # Refers to the plot frame, not the area
            units = "cm",
            #dpi = 300,
            #limitsize = FALSE,
            bg = "white")


    

Вот сохраненный сюжет

Что мне нужно, так это точки данных, заполненные цветом, используемым в настоящее время для их границы, и граница всех точек данных черного цвета.

Я попытался обойти эстетику, но в итоге получил дубликат легенды и еще большую путаницу.

Заранее еще раз спасибо за вашу помощь.