Как отобразить имена строк и столбцов на тепловой карте biclust?

Я нарисовал тепловую карту в пакете biclust, используя следующий код, но не смог найти ни одной опции для добавления имен строк и столбцов.

library(biclust)
set.seed(1234)
data(BicatYeast)
resplaid <- biclust(BicatYeast, BCBimax(), verbose = FALSE)
heatmapBC(x = BicatYeast, bicResult = resplaid)

Как их нарисовать?

Привет, Маджид, зацените как сделать отличный воспроизводимый вопрос с R.

Roman 31.10.2018 12:09

@ Роман Привет. Я отредактировал вопрос, чтобы его можно было легко воспроизвести.

Majid 31.10.2018 12:15
1
2
294
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Вот решение. Глядя на функцию heatmapBC, вы видите, что оси по умолчанию установлены как FALSE! Вы сможете размещать метки как в строках, так и в столбцах тепловой карты с помощью команды оси. Я использовал подмножество данных BicatYeast, чтобы сделать графики более четкими.

 library(biclust)
 set.seed(1234)
 data(BicatYeast)
 d <- as.matrix(BicatYeast)[1:30, 1:20]; d
 resplaid <- biclust(d, BCBimax())
 par(mar=c(10, 6, 2, 2) + 0.1)
 heatmapBC(x = d, bicResult = resplaid, axes = F, xlab = "", ylab = "")
 axis(1, at=1:dim(d)[2], labels = colnames(d), las=2)
 axis(2, at=1:dim(d)[1], labels = rownames(d), las=2)

enter image description here

Спасибо, а вы знаете, можно ли добавлять дендрограммы в тепловую карту?

Majid 31.10.2018 14:39

Бикластеризация применяется к генетическим исследованиям, в которых интерес заключается в учете кластеров генов и группировок индивидов. Я не думаю, что есть место для дендрограмм, которые сообщают об одномерном разбиении на разных уровнях. Я думаю, что вам следует внимательно изучить пакет mixOmics и все пакеты, описанные в представлении задач CRAN для кластерного анализа и моделей конечных смесей.

paoloeusebi 31.10.2018 15:09

Другие вопросы по теме