Как передать именованный список аргументу точек (`...`) функции (в частности, `anova`) в R? (альтернативы do.call)
У меня есть список выходных смешанных моделей lme4::lmer, который я хочу передать anova, который имеет форму anova(object, ...), поэтому я делаю
models_list <- list("lmm1" = lmm1, "lmm2" = lmm2, "lmm3" = lmm3, "lmm4" = lmm4, "lmm5" = lmm5)
do.call(anova, c(models_list[[1]], models_list[-1]))
Warning in anova.merMod(new("lmerMod", resp = new("lmerResp", .xData = <environment>), :
failed to find model names, assigning generic names
Я получаю результат, но с общими именами, отмеченными предупреждением, поэтому тот же результат, как если бы models_list не был назван. Я спрашивал также на github (https://github.com/lme4/lme4/issues/612), но с помощью do.call кажется, что я не смогу решить эту проблему. Есть ли другой способ?
Воспроизводимый пример
library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
fm2 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days || Subject), sleepstudy)
anova(fm1,fm2)
refitting model(s) with ML (instead of REML)
Data: sleepstudy
Models:
fm2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
fm1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
npar AIC BIC logLik deviance Chisq Df Pr(>Chisq)
fm2 5 1762.0 1778.0 -876.00 1752.0
fm1 6 1763.9 1783.1 -875.97 1751.9 0.0639 1 0.8004
# so I can see fm2 and fm2, to which model corresponds each line, but
models_list <- list("fm1" = fm1, "fm2" = fm2)
do.call(anova, c(lmaux[[1]], lmaux[-1]))
Warning in anova.merMod(new("lmerMod", resp = new("lmerResp", .xData = <environment>), :
failed to find model names, assigning generic names
refitting model(s) with ML (instead of REML)
Data: sleepstudy
Models:
MODEL2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
MODEL1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
npar AIC BIC logLik deviance Chisq Df Pr(>Chisq)
MODEL2 5 1762.0 1778.0 -876.00 1752.0
MODEL1 6 1763.9 1783.1 -875.97 1751.9 0.0639 1 0.8004
поэтому названия моделей fm1, fm2 были заменены на MODEL2, MODEL1;
это проблема, если названия моделей даются путем изменения (возможно, непоследовательных) номеров.
Я проверил возможные вопросы, из которых эти были бы своего рода дубликатами, поскольку
- Как передать список в функцию в R?
- Передать частичный список аргументов в do.call()
- Как передать дополнительный аргумент в аргумент функции do.call в R
но не нашел удовлетворительного ответа.
Спасибо!
@Roland Я добавил теперь MRE
Ответы 1
anova.merMod использует нестандартную оценку (NSE) для получения названий моделей. Как это часто бывает, NSE доставляет больше хлопот, чем пользы. Вот решение:
eval(
do.call(
call,
c(list("anova"),
lapply(names(models_list), as.symbol)),
quote = TRUE),
models_list)
#refitting model(s) with ML (instead of REML)
#Data: sleepstudy
#Models:
#fm2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
#fm1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
# npar AIC BIC logLik deviance Chisq Df Pr(>Chisq)
#fm2 5 1762.0 1778.0 -876.00 1752.0
#fm1 6 1763.9 1783.1 -875.97 1751.9 0.0639 1 0.8004
Решение создает вызов. Как обычно, это делается с помощью функции call. Однако здесь нам нужно передать аргументы (в кавычках) в виде списка, используя do.call. Затем мы оцениваем этот вызов в списке моделей.
Я бы постарался избежать этого в производственном коде, потому что он довольно сложный и, следовательно, его трудно поддерживать.
Спасибо! Замечательно! Я хотел бы спросить вас о нескольких вещах. С одной стороны, было бы здорово, если бы вы немного объяснили свой ответ, а с другой стороны, причину вашего комментария в конце
Смотрите правки. Вы можете посмотреть построенный вызов, удалив eval.
Можете ли вы предоставить минимальный воспроизводимый пример?
do.callопределенно передает имена параметров.