Как передать вывод из одного канала Nextflow в другой и запустить файл .Rmd?

У меня есть конвейер Nextflow с двумя каналами.

• Первый канал запускается и выводит 6 .tsv файлов в папку под названием «Результаты».
• Предполагается, что второй канал будет использовать все эти 6 файлов .tsv и создавать отчет в формате .pdf, используя Knitr в R в процессе под названием «createReport».

Мой код рабочего процесса выглядит так:

workflow {
  inputFileChannel = Channel.fromPath(params.pathOfInputFile, type: 'file') // | collect | createReport // creating channel to pass in input file
  findNumOfProteins(inputFileChannel)  // passing in the channel to the process
  findAminoAcidFrequency(inputFileChannel)
  getProteinDescriptions(inputFileChannel)
  getNumberOfLines(inputFileChannel)
  getNumberOfLinesWithoutSpaces(inputFileChannel)
  getLengthFreq(inputFileChannel)

  outputFileChannel = Channel.fromPath("$params.outdir.main/*.tsv", type: 'file').buffer(size:6)
  createReport(outputFileChannel)

Мой процесс createReport в настоящее время выглядит так:

process createReport {
  module 'R/4.2.2'

  publishDir params.outdir.output, mode: 'copy'


  output:
    path 'report.pdf'

  script:
      """
          R -e "rmarkdown::render('./createReport.Rmd')"
      """
}

И мой 'createReport.Rmd' выглядит так (проверено в Rstudio и дает правильный вывод в формате .pdf:

---
title: "R Markdown Practice"
author: "-"
date: "2022-12-08"
output: pdf_document
---

{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

library(readr)
dataSet <- list.files(path = "/Users/-/Desktop/code/nextflow_practice/results/", pattern = "*.tsv")
print(dataSet)

for (data in dataSet) {
  print(paste("Showing the table for:", data))
  targetData <- read.table(file=paste("/Users/-/Desktop/code/nextflow_practice/results/", data, sep = ""),
             head=TRUE,
             nrows=5,
             sep = "\t") 
  print(targetData)
  
  if (data == "length_data.tsv") {
    data_to_graph <- read_tsv(paste("/Users/-/Desktop/code/nextflow_practice/results/", data, sep = ""), show_col_types = FALSE)
    plot(x = data_to_graph$LENGTH,y = data_to_graph$FREQ, xlab = "x-axis", ylab = "y-axis", main = "P")
  }

  writeLines("-----------------------------------------------------------------")
}

Как правильно написать процесс createReport и разделы рабочего процесса, чтобы можно было передать 6 выходных данных .tsv из первого канала во второй канал для создания отчета?

Извините, я новичок в Nextflow, и документация не помогает мне так, как хотелось бы!