Как перенести мои файлы в R Projects, а потом на GitHub?
У меня есть 3 скрипта r;
- data1.r
- data2.r
- граф1.р
два файла данных, выполнить некоторую математику и создать 2 отдельных файла данных, которые я сохраняю в своем рабочем каталоге. Затем я вызываю эти два файла в граф1.р и использую их для построения данных.
Как я могу организовать и создать проект R, который имеет;
- эти два файла данных - data1.r и data2.r
- другой файл, который вызывает эти файлы (граф1.р)
- Выход граф1.р
Затем я хотел бы поделиться всем этим на GitHub (я знаю, как это сделать).
Редактировать -
Вот скрипт data1
df1 <- data.frame(x = seq(1,100,1), y=rnorm(100))
save(df1, file = "data1.Rda")
Вот скрипт data2
df2 <- data.frame(x = seq(1,100,1), y=rnorm(100))
save(df2, file = "data2.Rda")
Вот скрипт graph1
load(file = "data1.Rda")
load(file = "data2.Rda")
library(ggplot2)
ggplot()+geom_point(data= df1, aes(x=x,y=y))+geom_point(data= df2, aes(x=x,y=y))
Вопрос сформулирован иначе -
Как вышеизложенное должно быть выполнено внутри проекта?
Я просмотрел следующие уроки -
- https://r4ds.had.co.nz/workflow-projects.html
- https://martinctc.github.io/blog/rstudio-projects-and-working-directories-a-beginner's-guide/
- https://swcarpentry.github.io/r-novice-gapminder/02-project-intro/
- https://www.tidyverse.org/blog/2017/12/workflow-vs-script/
- https://chrisvoncsefalvay.com/2018/08/09/structuring-r-projects/
- https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200526207-Использование-Проектов
Если бы я это сделал, я бы уже выложил. Редактирование не требует технических знаний, я ничего не знаю о R.
Ответы 1
Я разбил свой ответ на три части:
- Вопрос в вашем заголовке
- Переформулированный вопрос в вашем тексте
- То, что я, основываясь на ваших комментариях, считаю, что вы на самом деле спрашиваете
Как перенести мои файлы в R Projects, а потом на GitHub?
В RStudio просто создайте новый проект и переместите файлы в эту папку. Затем вы можете инициализировать эту папку с помощью git, используя git init.
Как [мой включенный код] должен выполняться внутри проекта?
Вы не необходимость ничего не меняете в своем примере кода. Если вы просто поместите свои файлы в папку проекта, они будут работать нормально.
Проект R в основном заботится о следующем:
- Рабочий каталог (всегда устанавливается в папку проекта)
- Пути к файлам (все пути указаны относительно корневой папки проекта)
- Настройки (вы можете установить настройки для конкретного проекта)
Кроме того, многие внешние пакеты предназначены для работы с проектами, облегчая вам многие задачи. Проект также является очень хорошей отправной точкой для совместного использования вашего кода с Git.
Каким был бы хороший рабочий процесс для работы с несколькими сценариями в проекте R?
Одним из распространенных способов организации нескольких сценариев является создание нового сценария, вызывающего другие сценарии по порядку. Обычно я нумерую сценарии, чтобы было легко увидеть порядок их вызова. Например, здесь я бы создал 00_main.R и включил код:
source("01_data.R")
source("02_data.R")
source("03_graph.R")
Note that I've renamed your scripts to make the order clear.
В вашем коде вам не нужно сохранять данные, чтобы передавать их между сценариями. Приведенный выше код будет работать нормально, если вы удалите части кода save() и load(). Объекты, созданные сценариями, по-прежнему будут находиться в вашей глобальной среде, готовые к использованию их следующим сценарием.
Если вам делать нужно сохранить ваши данные, я бы сохранил их в папку с именем data/. Вывод вашего сюжета я бы, вероятно, сохранил в outputs/ или plots/.
Когда вы привыкнете к работе с R, следующим шагом по организации вашего кода, вероятно, будет создание пакета вместо использования только проекта. Вы можете найти всю необходимую информацию в эта книга.
Привет, спасибо за ваше предложение. Но вопрос в основном сосредоточен на том, как связать файлы в проекте, а не на шагах по созданию нового проекта в r.
Ах хорошо. Я интерпретировал «как перенести мои файлы в проекты R» как «как создать проект R» — поскольку ваши файлы находятся в той же папке, что и файл .Rproj, они находятся в том же проекте. Не могли бы вы уточнить свой вопрос? Особенно: что вы подразумеваете под «связыванием файлов внутри проекта»?
Конечно. Прежде всего, я отредактировал вопрос, чтобы быть максимально ясным. В настоящее время у меня есть три сценария, причем (graph1) вызывает вывод первых двух сценариев. Эти данные сохраняются в файле wd. Как RProject делает то, что делаю я? Мой нынешний подход незрелый, и я чувствую, что должен быть лучший способ выполнить то, что я делаю.
Я обновил свой ответ, исходя из того, как я понимаю ваш вопрос. Пожалуйста, дайте мне знать, если это было более полезно, или если я все еще не понимаю ваш вопрос.
Это здорово - дает мне все, что мне нужно, чтобы немного поиграть и выяснить, как это сделать для моих конкретных нужд. Огромное спасибо!
@jonrsharpe спасибо за правки. Может у вас есть предложение о том, как связать файлы в проекте? С уважением