Как перенести выходные значения цикла в отдельную переменную?

Вы можете использовать enabledelayedexpansion

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion
set #N=0& FOR %%A IN (C:\myfolder\*.txt) DO set /a #N+=1& set "var!#N!=%%~fA"
set var
pause

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion
set #N=0
FOR %%A IN (C:\myfolder\*.txt) DO (
    set /a #N+=1
    set "var!#N!=%%~fA"
)
set var
pause

set var чтобы показать все варианты
set var2, чтобы показывать только var2 или Echo %var2%, например

Я бы подумал об этом, не полагаясь на расширение отложенной переменной.

@Echo Off
SetLocal EnableExtensions

Set "DirPath=C:\myfolder"
Set "FileExt=.txt"

For /F "Delims= = " %%G In ('(Set var^) 2^>NUL') Do Set "%%G = "
For /F "Tokens=1,* Delims=:" %%G In ('
 Set "PathExt = " ^&
 %SystemRoot%\System32\where.exe "%DirPath%":"*%FileExt%" 2^>NUL ^|
 %SystemRoot%\System32\findstr.exe /NR "$"
 ') Do Set "var%%G=%%H"
(Set var) 2>NUL && Pause

Первый цикл For предназначен для того, чтобы гарантировать, что у вас еще нет переменных с именем Begin var. Последняя строка включена только для того, чтобы показать вам любые именованные переменные, определенные во втором цикле, вместе с соответствующими значениями.

Я разделил второй цикл var выше на несколько строк для удобства чтения. Если хотите, вы можете соединить эти пять строк в одну.

@Echo Off
SetLocal EnableExtensions

Set "DirPath=C:\myfolder"
Set "FileExt=.txt"

For /F "Delims= = " %%G In ('(Set var^) 2^>NUL') Do Set "%%G = "
For /F "Tokens=1,* Delims=:" %%G In ('Set "PathExt = " ^& %SystemRoot%\System32\where.exe "%DirPath%":"*%FileExt%" 2^>NUL ^| %SystemRoot%\System32\findstr.exe /NR "$"') Do Set "var%%G=%%H"
(Set var) 2>NUL && Pause