Как показать только раздел коэффициентов, включая значащие коды из сводки (модели) в rmarkdown?
Это может быть очень просто, но я просто не мог найти нигде, чтобы показать мне, как это сделать, может быть, это ключевые слова, которые я вставил.
По сути, в rmarkdown, когда я ввожу ниже, я получаю полный вывод из сводки.
model = lm(y~x,data=xxx)
summary(model)
Тем не менее, я заинтересован только в том, чтобы показать раздел коэффициентов. Я пытался использовать ниже для вывода только коэффициентов, но знак *** исчезает (коды signif). Есть ли способ вывести раздел коэффициентов, включая знак ***?
summary(model)$coefficients
Ответы 2
Вы можете использовать dplyr и broom для создания фрейма данных с тем, что вы хотите, но вам понадобится встроенная функция для добавления звездочек. Вот вам вариант с примером:
library(broom)
library(dplyr)
#Function for p-values
myfun <- function(pval) {
stars = ""
if (pval <= 0.001)
stars = "***"
if (pval > 0.001 & pval <= 0.01)
stars = "**"
if (pval > 0.01 & pval <= 0.05)
stars = "*"
if (pval > 0.05 & pval <= 0.1)
stars = "."
stars
}
#Code
mtcars %>%
lm(mpg ~ wt + qsec, .) %>%
tidy() %>%
mutate(signif = sapply(p.value, function(x) myfun(x)))
Выход:
# A tibble: 3 x 6
term estimate std.error statistic p.value signif
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>
1 (Intercept) 19.7 5.25 3.76 7.65e- 4 ***
2 wt -5.05 0.484 -10.4 2.52e-11 ***
3 qsec 0.929 0.265 3.51 1.50e- 3 **
Нет необходимости писать дополнительный код. Функция print.summary.lm использует функцию printCoefmat
printCoefmat(summ.lm$coefficients)
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 5.03200 0.22022 22.8501 9.547e-15 ***
groupTrt -0.37100 0.31143 -1.1913 0.249
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Я не знаю, будет ли это так всегда. Среди R Core существует довольно сильное мнение, что эта «функция» была ошибкой и что звезды значимости часто используются, чтобы ввести в заблуждение статистически наивного читателя.
Это другой вопрос. Напишите вопрос, который включает в себя вызов библиотеки для загрузки любого ожидаемого пакета, а затем создайте код, который создает подходящий объект для исследования.
Если я хочу вывести отдельные части модели смешанного эффекта. Как я могу, например, вывести раздел с фиксированным эффектом в сводке модели смешанного эффекта? И самое главное, где и что я могу найти, чтобы узнать весь соответствующий код, связанный со сводкой? Например, я хочу вывести summary(model.me)$fixed.effects (очевидно, это не работает...)