Как получить элемент из POJO в списке onClick()?

Используйте android.widget.AdapterView.OnItemClickListener:

 listView.setOnItemClickListener(new OnItemClickListener() {
      public void onItemClick(AdapterView<?> parent, View view,
          int position, long id) {
        Log.d(LOG_TAG, "itemClick: position = " + position + ", id = "
            + id);
        SomeItem item = items.get(position); // specific item
      }
    });

На основе документации Android SDK:

Implementers can call getItemAtPosition(position) if they need to access the data associated with the selected item.

Если вы полностью реализуете свой адаптер, вы можете получить такой элемент, как ниже:

listView.setOnItemClickListener(new AdapterView.OnItemClickListener() {
    @Override
    public void onItemClick(AdapterView<?> parent, View view, int position, long id) {
        Item item = (Item)parent.getItemAtPosition(position);
    }
});