Как получить процент столбца и строки при использовании tbl_summary в R?

Пакет не предназначен для отображения процентных значений как по строкам, так и по столбцам. Но в новой версии пакета появились более универсальные способы создания индивидуальных таблиц. В приведенном ниже примере мы сначала вычисляем всю статистику, которая появится в таблице, а затем передаем ее новой функции под названием tbl_ard_summary(). Это не самый простой для чтения код, но он принесет вам обоим процент.

library(cards)
library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '2.0.1.9002'

iris2 <- iris |> 
  dplyr::mutate(Sepal.Length.Cat = ifelse(Sepal.Length > 5, "Big","Small"))

# create the primary ARD
ard <- iris2 |>
  ard_stack(
    .by = Species,
    ard_continuous(variables = Sepal.Width),
    ard_categorical(variables = Sepal.Length.Cat),
    .missing = TRUE,
    .attributes = TRUE
  ) |> 
  # create ARD for row percentages
  bind_ard(
    ard_categorical(iris2, by = Species, variables = Sepal.Length.Cat, statistic = ~"p", denominator = "row") |> 
      dplyr::mutate(stat_name = ifelse(stat_name == "p", "p_row", stat_name))
  )


# pass the ARD to gtsummary to create table
ard |> 
  tbl_ard_summary(
    by = Species,
    include = c(Sepal.Length.Cat, Sepal.Width),
    type = list(
      Sepal.Width ~ "continuous2"
    ),
    statistic = list(
      all_continuous2() ~ c("{mean} ({sd})","{min} - {max}"),
      all_categorical() ~ "{n} (Column {p}%; Row {p_row}%)"
    ),
    missing_text = "Missing"
  ) |> 
  modify_footnote(all_stat_cols() ~ NA) |> 
  as_kable() # convert to kable to display on SO

^{Created on 2024-08-27 with reprex v2.1.1}

Мне еще предстоит найти метод, встроенный в gtsummary. Мне удалось создать обходной путь. К сожалению, это не очень динамично и универсально; это сильно зависит от расположения в таблице, которую вы использовали в своем вопросе. Вероятно, для повторного использования потребуется модификация.

Я создал функцию, которая изменяет таблицу по вашему запросу.

fixer <- function(tbl) {   # add row percentages to table with column percentages
  tabIn <- tbl$inputs
  nms <- names(tabIn$type[tabIn$type %in% "categorical"]) # which columns?
                           # calculate the row %, arrange/format as per table
  rp <- table(tabIn$data[, nms], tabIn$data[, tabIn[["by"]]]) %>% 
    prop.table(1) %>% t() %>% as.vector() %>% style_percent()
                           # add percentages to the table
  map(2:3, \(j) {                                # for each row in the table
    imap(paste0("stat_", 1:3), \(k, i) {         # for the stat in each row
      val <- tbl$table_body[[j, k]]              # collect content
      val2 <- str_replace(val, "\\)", paste0("/", rp[(j - 1) * i], "%\\)")) # fix
      tbl$table_body[[j, k]] <<- val2            # add update back to table
      })
    })
  tbl          # return updated table
  }

Когда вы создаете свою таблицу или после ее вызова, вы вызываете эту функцию. Например:

iris_table %>% fixer()   # call table and update

Или со столом в том виде, в каком он сделан...

library(gtsummary)

iris_table <- iris %>%
  mutate(Sepal.Length.Cat = if_else(Sepal.Length > 5, "Big","Small")) %>% 
  tbl_summary(by = Species,
              include = c(Sepal.Length.Cat, Sepal.Width),
              type = list(
                Sepal.Width ~ "continuous2"
              ),
              statistic = list(
                all_continuous2() ~ c("{mean} ({sd})","{min} - {max}"),
                all_categorical() ~ "{n} ({p}%)"
              ),
              percent = "column",
              missing_text = "Missing") %>% 
  add_overall(col_label = "**Overall** <br>N = {n}") %>% 
  modify_footnote(update = everything() ~ NA) %>% fixer()   # <---- I'm new

Проверьте это