Как пометить флаг как обязательный, только если в absl-py установлен другой флаг?

Для этого вы можете использовать валидатор:

from absl import app
from absl import flags

FLAGS = flags.FLAGS

flags.DEFINE_bool("f1", False, "some flag")
flags.DEFINE_string("f2", None, "some other flag")
flags.register_validator(
    # the flag to validate
    "f1",
    # a function that takes that flag's value and returns whether it's valid
    lambda value: not value or FLAGS.f2 is not None,
    # a message to print if it isn't
    message = "if f1 is set, f2 needs to be set"
)

def main(argv):
    pass

if __name__ == '__main__':
    app.run(main)