Как построить временной эксперимент с двумя точками за раз?
У меня есть такой файл временного эксперимента с контрольной и лечебной ситуациями:
Genes C1 C2 C4 T1 T2 T4
YAL054C 10.59 10.93 11.70 13.15 13.97 14.14
YAL062W 10.84 11.12 11.29 12.26 12.88 13.04
YAR035W 10.64 10.78 10.72 11.33 11.68 12.00
YBL023C 10.61 10.85 10.33 10.37 9.88 9.67
У меня есть много значений экспрессии генов в 2 экспериментальных ситуациях (контроль и лечение), собранных в 3 разных момента времени (1 час, 2 часа и 4 часа). Мне нужен график, который будет иметь три временные точки по оси X (это будут «две точки» в момент времени 1, C1 и T1 и т. д.), значения выражений по оси Y (в представленных данных, он изменится с 9,67 до 14,14), и каждая строка будет названием гена. Тогда все точки контрольных условий будут иметь цвет, а условия лечения будут другого цвета.
Я попытался использовать код из ggplots2, который нашел здесь, в Stackoverflow:
ggplot (a, aes(a$V1, y=value, color = variable))
+ geom_line(aes(y = a$V2, col = "red"))
+ geom_line(aes(y = a$V3, col = "red"))
+ geom_line(aes(y = a$V3, col = "red"))
+ geom_line(aes(y = a$V4, col = "blue"))
+ geom_line(aes(y = a$V5, col = "blue"))
+ geom_line(aes(y = a$V6, col = "blue"))
Но даже если бы я распечатал все случаи, я не смог найти способ распечатать только по трем точкам (вместо шести).
Ответы 1
Вам, вероятно, потребуется переформатировать данные в длинный формат, чтобы заставить их работать с ggplot. Я сфабриковал некоторые данные в длинном формате и нарисовал график, который, как я думаю, вам нужен.
df <- data.frame(gene = rep(1:4, each = 6),
type = rep(c("C", "T"), 12),
time = rep(c(1, 2, 4), 8),
value = rnorm(24))
ggplot(df, aes(time, value, col = type)) +
geom_line() +
facet_wrap(~ gene)